Le point sur les restrictions sociales ou interventions non pharmaceutiques

Les interventions non pharmaceutiques ou mesures de restrictions sociales ont – elles un impact sur l’épidémie de Covid-19?

 

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A RETENIR

  • Plusieurs études de modélisation comparent les données réelles de l‘épidémie de Covid-19 avec des prévisions désastreuses générées par ordinateur à partir de modèles empiriquement non testés et critiquables.
  • Paradoxalement, les interventions limitant la transmission de maladies graves chez les patients âgés peuvent augmenter la morbidité et la mortalité de ces maladies (ex : rubéole, rougeole, listeria).
  • L’épidémie a décliné avant l’implémentation des interventions non pharmaceutiques tels que les confinements dans de nombreux pays ou régions du monde : les confinements allemand, britannique, français, italien et espagnol n’ont eu aucun impact sur l’évolution de l’épidémie.
  • Aucune corrélation entre le confinement et le taux de cas ou de décès n’a été mise en évidence par comparaison entre différents pays ou régions du monde aux interventions non pharmaceutiques différentes.
  • La fermeture des écoles et le confinement des jeunes a été associé à une augmentation de la mortalité de manière contre-intuitive.
  • Des interventions non pharmaceutiques ciblées sur les populations à risque auraient eu un meilleur impact sur la mortalité.

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Alors que le Pérou a mis en place le confinement le plus strict au monde, il enregistrait au 20 septembre le plus grand nombre de décès par million d’habitants.

La seule solution proposée dans l’urgence pour faire face à la diffusion du virus Sars-Cov-2 a été dans de nombreux pays des “interventions non pharmaceutiques” ou mesures de restriction sociale allant de la fermeture de certains commerces, la fermeture des écoles, les couvre-feux ou encore des confinements plus ou moins stricts. La plupart des pays occidentaux ont mis en place de telles mesures depuis maintenant un an.

Il est légitime et urgent de se poser la question du réel impact des mesures sociales sur l’évolution de l’épidémie.

Certaines études de modélisation (Dehning 2020, Hsiang 2020 et Flaxman 2020 [1]) suggèrent que les interventions non pharmaceutiques pourraient réduire le taux d’infection et de mortalité. Mais ces modélisations nécessitent de faire des hypothèses quant à ce qu’aurait été l’épidémie si de telles mesures n’avaient pas été prises; hypothèses qui ne sont peut-être pas justes. En effet, ces articles comparent les résultats réels avec des prévisions désastreuses générées par ordinateur à partir de modèles empiriquement non testés, puis déclarent que la différence est due aux « interventions non pharmaceutiques ».

Parmi ces études, nous pouvons citer celle de Flaxman et al. (Estimating the effects of non-pharmaceutical interventions on COVID-19 in Europe) [1], publiée dans la revue Nature et ayant fait grand bruit, dont les résultats démontreraient que le confinement aurait permis de sauver entre 12 et 15 millions de vies dans 11 pays d’Europe. Le confinement aurait ainsi diminué de 82% le R(t) ou taux de reproduction ! Cet article possède plusieurs limitations qui doivent être soulevées :

– le R(t) estimé sur les décès quotidiens, n’est, dans leurs hypothèses, autorisé à changer que lors de la mise en place d’une intervention non pharmaceutique; c’est donc le serpent qui se mord la queue ! En réalité, le R(t) diminue habituellement tout au long de l’épidémie dans une population finie.

– Flaxman et al. font aussi l’hypothèse que tous les individus de la population étudiée sont également susceptibles à la maladie, selon l’hypothèse d’homogénéité du modèle de Kermack et McKendrick datant de 1927. Colombo et al. [2] ont pu montrer qu’en assouplissant cette hypothèse d’homogénéité, afin de prendre en compte une variation individuelle à la susceptibilité à la maladie, le nombre de vie épargnée est beaucoup plus modeste (seulement 262.000).

D’autres incohérences méritent d’être relevées. Flaxman et al., se basant sur les décès, omettent de prendre en compte les 23 jours séparant la contamination du décès estimé dans cette population. En réalité, les cas commenceraient à diminuer à la mi-février; soit bien avant le confinement du 23 mars.

Enfin, selon Flaxman et al. la diminution continuelle, classique et naturelle du R(t) de la Suède qui n’a pas confiné (et avec un taux de décès bas) est attribuée à l’interdiction d’événements publics alors même que cette intervention non pharmaceutique est jugée complètement inefficace dans tous les autres pays étudiés ! Comment une même mesure peut-elle être très efficace en Suède et inefficace dans tous les autres pays européens ?

 

LE PARADOXE DES MALADIES INFECTIEUSES GRAVES CHEZ LES ADULTES ET LES PERSONNES ÂGÉES OU FRAGILES

Pour les agents pathogènes qui provoquent des maladies plus graves chez les patients âgés, les interventions qui limitent la transmission peuvent paradoxalement augmenter la charge de morbidité dans une population. En conséquence, la mortalité due au Covid, touchant surtout les personnes âgées ou au terrain débilité, pourrait augmenter suite à la mise en place d’interventions non pharmaceutiques destinées à réduire ou ralentir la diffusion de la maladie.

Ce paradoxe est connu depuis au moins une dizaine d’années. Notamment, ce paradoxe a été observé :

  • pour la rubéole et la rougeole [3-4] : par exemple, le nombre de rubéoles congénitales a augmenté après vaccination [5]
  • pour la varicelle [6-7]: l’exposition répétée au virus diminuerait le risque de zona. Après augmentation de la couverture vaccinale anti-varicelleuse au Massachussets, l’incidence des zonas a augmenté. Certains opportunistes suggèrent même de développer un vaccin pour prévenir le zona [8]!
  • La vaccination anti-varicelleuse de masse est associée à une augmentation de l’âge moyen de l’infection et, dans certains cas, à une augmentation absolue de l’incidence de la varicelle dans les groupes d’âge plus élevés chez lesquels cette maladie est plus grave [9].
  • L’augmentation de l’incidence des cas de listériose serait un effet indirect de la diminution de l’exposition à ce pathogène pendant la vie “grâce à l’amélioration des pratiques de stockage et de manipulation des aliments”. Malheureusement cela a augmenté l’âge moyen de l’exposition à cette bactérie. Or les sujets les plus à risque sont les femmes enceintes et les personnes âgées [10].

 

L’ÉPIDÉMIE AVAIT RÉGRESSÉ AVANT MÊME L’IMPLÉMENTATION DES CONFINEMENTS DANS PLUSIEURS PAYS

Plusieurs articles montrent que l’épidémie a décliné avant l’implémentation des interventions non pharmaceutiques telles que les confinements. Les confinements allemand, britannique, français, italien et espagnol n’ont donc eu aucun impact.

Kuhbandner et al. [11], dans leur article intitulé « le confinement en Allemagne était-il nécessaire ?», considèrent que la diffusion du virus était en déclin avant les interventions non pharmaceutiques, en particulier le confinement. La transmission du virus a donc diminué de façon autonome. Les hypothèses avancées par l’auteur pour expliquer ce phénomène serait l’atteinte d’une immunité collective à partir de seulement 17 à 20 % d’individus immuns dans la population ou alors une saisonnalité du virus.

Un article [12] analysant les données épidémiques du très respecté Institut Robert Koch (the German Robert Koch Institut) confirme que le confinement allemand a été inutile. Tous les comtés allemands auraient dépassé le pic épidémique entre début mars et mi-avril. Les infections par Sars-Cov-2 avaient diminuées avant la mise en vigueur des mesures de restrictions sociales à l’échelle nationale dans 255 comtés sur 412 (61,89 %) comptant 54,58 millions d’habitants (soit 65,66 % de la population nationale). Pour 12,68 % des comtés, la courbe épidémique s’était déjà aplatie avant la fermeture des crèches et des écoles.

Simon N. Wood, dans un article en préprint intitulé “ Les infections au Covid-19 ont-elles diminué avant le confinement britannique?” a calculé que les infections étaient en déclin avant le verrouillage complet du Royaume-Uni (24 mars 2020) [13].

Une étude observationnelle de Meunier T. [14] basée uniquement sur les registres officiels de décès quotidiens, montre que les politiques de confinement total de la France, de l’Italie, de l’Espagne et du Royaume-Uni n’ont pas eu d’effets sur l’évolution de l’épidémie de Covid-19. Les taux de croissance et les taux de reproduction étaient déjà en diminution 2 à 3 semaines avant que les effets des confinements puissent être visibles. Un ralentissement contre-intuitif du déclin de l’épidémie a même été observé après le confinement. Selon les auteurs, aucune vie n’a été sauvée grâce aux confinements par comparaison avec les pays voisins n’ayant pas confiné.

COMPARAISON DE PAYS AVEC ET SANS INTERVENTIONS NON PHARMACEUTIQUES

D’autres articles ont comparé l’évolution du nombre de cas et/ou de décès en fonction des interventions non pharmaceutiques entre des pays ou régions ayant appliqué des politiques sanitaires différentes. Aucune corrélation entre le confinement et le taux de cas ou de décès n’a été mise en évidence.

– Un article publié par Savaris et al. [15] le 5 mars 2021, a évalué l’association entre le confinement et le nombre de morts par millions d’habitants dans 87 régions/pays différents du monde. Sur les 3741 comparaisons deux à deux réalisées, 98 % des comparaisons entre régions/pays montraient que le nombre de décès par millions d’habitant n’était pas corrélé au confinement.

– Bjørnskov [16] a comparé les taux de mortalité hebdomadaires de 24 pays européens au cours des premiers semestres 2020 en fonction des interventions non pharmaceutiques dans ces pays: aucune association claire n’est retrouvée entre les politiques de confinement et l’évolution de la mortalité.

– Chaudry et al. [17] lors d’une étude exploratoire, ont démontré que la mortalité par Covid-19 n’est pas corrélée à la fermeture rapide des frontières, au confinement, ou aux tests à grande échelle. La mortalité était corrélée à la prévalence d’obésité dans la population et au produit intérieur brut élevé. Le nombre de cas de Covid-19 était corrélé à la prévalence de l’obésité, l’âge médian élevé dans la population et au délai séparant le premier cas signalé de la fermeture des frontières.

– L’étude de Toussaint et al. [18] tentant de définir les facteurs non viraux corrélés à la mortalité par Covid-19 n’a pas trouvé de corrélation entre les mesures non pharmaceutiques, en particulier le confinement, et la mortalité par Covid-19 dans les pays étudiés.

– L’étude de Bendavid [19] a comparé les effets des mesures d’interventions non pharmaceutiques strictes (confinement strict en France, Italie, USA…) ou moins strictes (Suède, Corée du sud) et n’a pas mis en évidence de différence dans la propagation de la maladie. Les confinements stricts et les fermetures de commerce et d’entreprises n’ont pas ralenti la progression de l’épidémie. Selon les auteurs, des interventions de santé publique plus ciblées et plus légères peuvent réduire plus efficacement la transmission sans les méfaits des mesures très restrictives. Le modèle mathématique choisi avait un impact important sur les résultats obtenus. Notamment en utilisant le modèle mathématique utilisé pour les USA mais appliqué à l’Europe, le confinement n’a pas d’effet. Ioannidis conclut que l’effet bénéfique sur l’épidémie du confinement est largement exagéré.

– Une étude quasi-naturelle [20] (Kepp et al. en pré-print) dans la région du Jutland du nord au Danemark a comparé l’évolution de l’épidémie entre 7 des 11 municipalités du Jutland qui ont été soumises à des mesures de restrictions très strictes et 4 autres municipalités qui n’ont appliqué que des restrictions modérées et basées sur le volontariat. Les interventions non pharmaceutiques strictes ont consisté pendant 2 semaines en “télétravail au domicile”, “fermeture des bars, restaurant, centre de loisirs et culturels”, “fermeture des écoles”, « fermeture des transports publiques”, ”interdiction de sortie du territoire de la commune”. La population étant homogène et les cas concentrés dans le temps et l’espace permettent de limiter au maximum les biais de confusion en faisant une étude unique. De plus, les 11 municipalités avaient un développement épidémique et un taux d’infection similaires avant l’implémentation des mesures de restrictions. Deux tiers des résidents des 11 municipalités ont été testées pour le Covid-19. Aucun effet des mesures de confinement strict n’a été trouvé sur le taux d’infection et les courbes qui étaient similaires dans les 2 groupes de municipalités.

– Hunter et al. [21] ont réalisé une étude quasi-expérimentale (preprint) afin d’identifier quelles interventions non pharmaceutiques influaient sur les cas rapportés et les décès (chiffres de European Center of Disease Control) dans 30 pays d’Europe. La fermeture des écoles, l’interdiction des rassemblements étaient associés avec une légère diminution des cas. Aucune des mesures n’a pu être associée à un fort impact sur les cas et les décès. Particulièrement, les confinements et la fermeture de tous les commerces non essentiels n’ont eu aucun impact sur le nombre de cas et les décès.

DES INTERVENTIONS CIBLEES SUR LES POPULATIONS A RISQUE AURAIENT AUTANT VOIRE PLUS D’IMPACT QUE LES INTERVENTIONS EN POPULATION GENERALE

Des articles de modélisation montrent que des interventions non pharmaceutiques ciblées sur les populations à risque auraient eu un meilleur impact sur la mortalité.

– Rice et al. [22] ont tenté de reproduire et analyser les informations dont disposaient les décideurs britanniques lorsque la décision de confinement a été prise en mars 2020 au Royaume-Uni en utilisant le modèle de l’Imperial College of London, avec les données disponibles en mars 2020, appliqué à l’épidémie de coronavirus. Les résultats interpellant de cette étude sont :

  • La fermeture des écoles et le confinement des jeunes étaient associés à une augmentation de la mortalité de manière contre-intuitive.
  • La distanciation sociale généralisée à l’ensemble de la population ajouté à l’isolement des cas et au confinement pourrait réduire l’épidémie momentanément mais augmenter sa durée; ce qui entraînerait au final plus de décès.
  • Le nombre de décès au final dépend de la distribution des âges chez les personnes infectées (plus les personnes infectées sont âgées, plus la mortalité augmente).
  • Les mesures ciblées sur les personnes âgées (distanciation sociale des plus de 70 ans) seraient associées avec une réduction des décès.

– Djaparidze et al. [23] ont constaté dans un article de modélisation que l’isolement obligatoire pendant 180 jours des personnes en bonne santé de moins de 60 ans (c’est-à-dire la fermeture des écoles et des lieux de travail) produisait davantage de décès.

– Atkeson et al. [24] ont testé l’impact des interventions non-pharmaceutiques sur la transmission du Covid-19.

  • Dans tous les pays et états américains étudiés, les taux de croissance de décès quotidiens dus au Covid-19 sont passés d’un large éventail de niveaux initialement élevés à des niveaux proches de zéro dans les 20 à 30 jours après que chaque région ait connu 25 décès cumulés.
  • Après cette période initiale, les taux de croissance des décès quotidiens ont oscillé autour de zéro ou en dessous partout dans le monde.
  • L’écart-type des taux de croissance du nombre de décès quotidiens dans les différentes régions a chuté très rapidement au cours des 10 premiers jours de l’épidémie et est resté à un niveau relativement bas depuis lors.
  • Les taux de transmission du Covid-19 ont diminué à partir de niveaux initiaux très dispersés pour atteindre environ 1 après les 30 premiers jours de l’épidémie partout dans le monde.

Ne pas prendre en compte ces quatre faits peut conduire à une surestimation des résultats et à une surestimation de l’impact des interventions non pharmaceutiques.

LES INTERVENTIONS NON PHARMACEUTIQUES NE SEMBLENT PAS INFLUENCER LES COURBES EPIDEMIQUES

Enfin l’observation chronologique des courbes épidémiques et de l’implémentation des interventions non pharmaceutiques montrent que les premières ne sont pas influencées par les secondes.

A Marseille, la courbe du nombre de tests positifs à Sars-Cov-2 n’est pas influencée par les mesures de restrictions sociales telles que l’obligation de porter un masque dans les lieux confinés puis dans toute la ville, la fermeture des bars et restaurants, le couvre-feu, la diminution du nombre d’étudiants dans les universités et le confinement comme le montre le graphique ci-joint obtenu par l’analyse des eaux usées par l’unité COMETE.

 

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IMPACT RESUME DES INTERVENTIONS NON PHARMACEUTIQUES SUR LA POPULATION

  • Augmentation notable des accidents domestiques pour les jeunes enfants et les personnes âgées [25]
  • Augmentation de la sédentarité : 1/3 environ des français passant plus de 7h par jours assis [26]
  • Diminution de l’activité physique pour 47 % de la population [27]
  • Prise de poids chez 36 % de la population et malbouffe en augmentation [27]
  • Un quart des fumeurs a augmenté sa consommation de tabac [28]
  • 6 personnes sur 10 ont augmenté leur temps d’écran
  • La prévalence des états dépressifs a été multipliée par 2 entre fin septembre (11% en vague 15) et début novembre (23% en vague 17) [29]
  • Augmentation des états anxieux 19,5% vs. 13,5% auparavant [30]
  • Augmentation des problèmes de sommeil (> 60 % vs 49%)
  • L’estimation plausible de la perte de vie due au confinement britannique (>7 semaines) est supérieure à l’estimation de la perte de vie due à l’épidémie non atténuée de Covid-19 au Royaume-Uni (2 semaines par personne) [15]
  • Shlomai et al. [31] ont modélisé l’efficacité et le coût d’un confinement versus l’isolement des cas et des contacts après traçage. Le confinement coûte 45,1 millions de dollars pour prévenir un décès.

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REFERENCES

[1] Flaxman, S., Mishra, S., Gandy, A. et al. Estimating the effects of non-pharmaceutical interventions on COVID-19 in Europe. Nature 584, 257–261 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2405-7

[2] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.09.26.20202267v1.full.pdf

[3] Strategy for rubella vaccination. Knox EG. Int J Epidemiol. 1980 Mar; 9(1):13-23

[4] Vaccination against rubella and measles: quantitative investigations of different policies. Anderson RM, May RM. J Hyg (Lond). 1983 Apr; 90(2):259-325.

[5] Increase in congenital rubella occurrence after immunisation in Greece: retrospective survey and systematic review. Panagiotopoulos T, Antoniadou I, Valassi-Adam E. BMJ. 1999 Dec 4;319(7223): 1462-7

[6] Modelling the impact of immunization on the epidemiology of varicella zoster virus. Brisson M, Edmunds WJ, Gay NJ, Law B, De Serres G. Epidemiol Infect. 2000 Dec; 125(3):651-69

[7] Yih WK, Brooks DR, Lett SM, Jumaan AO, Zhang Z, Clements KM, Seward JF. BMC Public Health. 2005 Jun 16; 5():68.

[8] Oxman MN, Levin MJ, Johnson GR, Schmader KE, Straus SE, Gelb LD, Arbeit RD, Simberkoff MS, Gershon AA, Davis LE, Weinberg A, Boardman KD, Williams HM, Zhang JH, Peduzzi PN, Beisel CE, Morrison VA, Guatelli JC, Brooks PA, Kauffman CA, Pachucki CT, Neuzil KM, Betts RF, Wright PF, Griffin MR, Brunell P, Soto NE, Marques AR, Keay SK, Goodman RP, Cotton DJ, Gnann JW Jr, Loutit J, Holodniy M, Keitel WA, Crawford GE, Yeh SS, Lobo Z, Toney JF, Greenberg RN, Keller PM, Harbecke R, Hayward AR, Irwin MR, Kyriakides TC, Chan CY, Chan IS, Wang WW, Annunziato PW, Silber JL; Shingles Prevention Study Group. A vaccine to prevent herpes zoster and postherpetic neuralgia in older adults. N Engl J Med. 2005 Jun 2;352(22):2271-84. doi: 10.1056/NEJMoa051016. PMID: 15930418.

[9] Changing varicella epidemiology in active surveillance sites–United States, 1995-2005. Guris D, Jumaan AO, Mascola L, Watson BM, Zhang JX, Chaves SS, Gargiullo P, Perella D, Civen R, Seward JF. J Infect Dis. 2008 Mar 1; 197 Suppl 2():S71-5.

[10] Listeriosis: a model for the fine balance between immunity and morbidity. Lavi O, Louzoun Y, Klement E. Epidemiology. 2008 Jul; 19(4):581-7

[11] Kuhbandner, Christof; Homburg, Stefan; Walach, Harald; Hockertz, Stefan (2020): Was Germany’s Corona Lockdown Necessary?. Advance. Preprint. https://doi.org/10.31124/advance.12362645.v3

[12] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.14.20101667v3.full.pdf

[13] https://arxiv.org/pdf/2005.02090.pdf

[14] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.24.20078717v1.full.pdf

[15] Savaris, R.F., Pumi, G., Dalzochio, J. et al. Stay-at-home policy is a case of exception fallacy: an internet-based ecological study. Sci Rep 11, 5313 (2021). https://doi.org/10.1038/s41598-021-84092-1

[16] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3665588

[17] Chaudhry R, Dranitsaris G, Mubashir T, Bartoszko J, Riazi S. A country level analysis measuring the impact of government actions, country preparedness and socioeconomic factors on COVID-19 mortality and related health outcomes. EClinicalMedicine. 2020 Aug;25:100464. doi: 10.1016/j.eclinm.2020.100464. Epub 2020 Jul 21. PMID: 32838237; PMCID: PMC7372278.

[18] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33330343/

[19] Bendavid E, Oh C, Bhattacharya J, Ioannidis JPA. Assessing mandatory stay-at-home and business closure effects on the spread of COVID-19. Eur J Clin Invest. 2021 Apr;51(4):e13484. doi: 10.1111/eci.13484. Epub 2021 Feb 1. PMID: 33400268; PMCID: PMC7883103.

[20] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.28.20248936v1.full.pdf

[21] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.20088260v2.full.pdf

[22] https://www.bmj.com/content/bmj/371/bmj.m3588.full.pdf

[23] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.09.20210146v2.full.pdf

[24] https://www.nber.org/system/files/working_papers/w27719/w27719.pdf

[25] https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/traumatismes/chute/documents/article/surveillance-des-accidents-de-la-vie-courante-pendant-la-periode-de-confinement-de-la-pandemie-de-covid-19)

[26] https://www.santepubliquefrance.fr/determinants-de-sante/nutrition-et-activite-physique/documents/article/activite-physique-et-sedentarite-des-adultes-pendant-la-periode-de-confinement-lie-a-l-epidemie-de-covid-19-etat-des-lieux-et-evolutions-percues

[27] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.20047860v3.full.pdf

[28] https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19/enjeux-de-sante-dans-le-contexte-de-la-covid-19

[29] https://www.santepubliquefrance.fr/etudes-et-enquetes/coviprev-une-enquete-pour-suivre-l-evolution-des-comportements-et-de-la-sante-mentale-pendant-l-epidemie-de-covid-19

[30] https://www.santepubliquefrance.fr/presse/2020/souffrance-psychique-et-troubles-psychiatriques-lies-a-l-epidemie-de-covid-19-et-difficultes-de-la-vie-en-confinement-les-evaluer-pour-mieux-agir

[31] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.20047860v3.full.pdf

 

 

 

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Le point sur les rétrovirus endogènes

Récemment plusieurs articles nient la possibilité que l’ARNm synthétique contenu dans les vaccins Pfizer/BioNtech et Moderna puisse s’intégrer dans le génome humain au motif que les cellules humaines ne possèdent pas l’équipement enzymatique nécessaire à l’intégration d’ARN dans le génome.

En particulier, ces articles affirment que les rétrovirus endogènes présents dans le génome humain seraient « fossilisés » et auraient perdu leur capacité de rétrotranscriptase comme on peut le voir dans un article des Décodeurs du journal le Monde [1] ou dans une synthèse de la SPILF (Société de pathologie infectieuse de langue française) [2].

 

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A RETENIR

Les rétrovirus endogènes ne sont pas seulement des « fossiles » : certains sont encore actifs.

  • Les rétrovirus endogènes sont d’anciens virus exogènes qui se sont intégrés dans le génome humain depuis au moins 150 millions d’années et ont été transmis à la descendance.
  • Si la majorité d’entre eux sont non fonctionnels et non infectieux, un certain nombre d’entre eux peuvent être « réveillés » par des facteurs environnementaux et redevenir « actifs ».
  • Les rétrovirus endogènes sont activement exprimés dans une grande variété de cellules humaines et leurs enzymes (dont la rétrotranscriptase) ont conservé leur activité.
  • La transcription et l’activité des rétrovirus endogènes sont stimulées par des infections virales comme le VIH ou l’herpès.
  • Un rétrovirus endogène humain appelé HERV-K est même capable de produire des particules virales visibles au microscope électronique.

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Dans ce présent article, nous n’affirmons pas que les rétrovirus endogènes soient capables d’intégrer l’ARNm vaccinal dans le génome des cellules humaines bien que la question puisse être très importante à poser scientifiquement. Cependant, nous informons sur le fait que certains rétrovirus endogènes du génome humain ont conservé une certaine activité.

Pour comprendre pleinement, nous allons aborder :

  • ce qu’est un rétrovirus
  • ce que sont les rétrovirus endogènes
  • et montrer que certains d’entre eux sont toujours actifs

 

QU’EST-CE QU’UN RÉTROVIRUS ?

Les rétrovirus sont une famille de virus (Retroviridae) dont le génome est composé d’ARN ayant la particularité de pouvoir s’intégrer dans le génome de la cellule infectée. Le génome de ce virus code notamment pour deux enzymes clés permettant cette intégration, une rétrotranscriptase et une intégrase [3, 4]:

  • la rétrotranscriptase permet la conversion de l’ARN viral en ADN viral
  • puis l’intégrase permet l’intégration de l’ADN viral dans le génome de la cellule.

Le cycle infectieux des rétrovirus exogènes commence par la reconnaissance des récepteurs spécifiques de la cellule à infectée qui sera suivie de la fusion des membranes virales avec celle de la cellule infectée. Le contenu de la particule virale sera alors déversé dans le cytoplasme de la cellule infectée. La rétrotranscriptase virale convertit alors l’ARN viral en ADN viral. Cet ADN viral migre alors vers le noyau de la cellule infectée accompagnée entre autre par l’intégrase virale. Dans le noyau, l’ADN viral est intégré dans le génome de la cellule hôte grâce à l’action de l’intégrase.

Lorsque la cellule va transcrire son ADN en ARN, elle va également transcrire l’ADN viral intégré dans son génome en ARN qui va migrer vers le cytoplasme. Dans le cytoplasme, ces ARN viraux seront traduits en protéines aboutissant in fine à la production de particules virales complètes qui seront relarguées ensuite dans le milieu extracellulaire et qui pourront aller infecter d’autres cellules appartenant soit au même individu, soit appartenant à un autre individu (transmission de l’infection) [4].

Deux rétrovirus connus sont le VIH causant la maladie SIDA et les HTLV1/2 (Human T cell Leukemia/lymphoma Virus) causant des leucémies, des lymphomes T et des paraparésies spastiques [5].

 

QU’EST-CE QU’UN RÉTROVIRUS ENDOGÈNE ?

Les rétrovirus endogènes sont d’anciens rétrovirus exogènes (comme le VIH aujourd’hui) qui se sont intégrés dans le génome humain au cours de l’évolution puis transmis à la descendance de génération en génération. Les rétrovirus endogènes HERV sont composés généralement de 4 gènes principaux nommées gag, pro, pol et env codant respectivement pour la capside, la protéase, la rétrotranscriptase et l’intégrase [6]. Cette organisation du génome est comparable à celle des rétrovirus exogènes tels que le VIH.

On suppose qu’un ancêtre de l’homme a été infecté par un rétrovirus se propageant dans le milieu extérieur qui s’est ensuite intégré au génome germinal d’un ou plusieurs individus (devenant ainsi un rétrovirus endogène) qui l’ont ensuite transmis à leur descendance. Cela signifie que pendant une période, le virus circule à la fois sous forme exogène (circulant entre les individus via le milieu extérieur) et sous forme endogène chez certains individus. Cette endogénisation pourrait favoriser le fait d’avoir d’emblée un système immunitaire en capacité « de neutraliser » la forme exogène du virus. Les individus ayant endogénisé le virus survivraient donc mieux à l’infection par la forme exogène du virus.

L’endogénisation représentant potentiellement un avantage sélectif, au bout de plusieurs milliers d’année, seuls les individus ayant endogénisé le virus auraient survécu et le virus sous forme exogène aurait disparu puisque tous les individus seraient devenus résistants à l’infection [7, 8, 9]

Un des meilleurs exemples d’endogénisation encore en cours de nos jours est celle du rétrovirus KoRV chez les koalas. Ce virus KoRV peut encore être observé sous sa forme exogène qui se transmet entre les koalas et sous sa forme endogène dans le génome de certaines populations de Koalas. L’endogénisation aurait commencé il y a environ 50.000 ans [10].

Certains travaux commencent à évoquer un possible début d’endogénisation du virus du VIH dans le génome humain [11].

Les premiers rétrovirus endogènes ont été découverts à la fin des années 60 tandis que les premiers rétrovirus endogènes humains, appelés HERV pour Human Endogenous Retrovirus, l’ont été plus tardivement en 1981 [12, 13]. Le plus ancien daterait d’il y a 150 millions d’années selon les estimations.

Ces rétrovirus endogènes sont donc aujourd’hui retrouvés dans notre génome qu’ils composent à hauteur de 8%.

Au cours de l’évolution, les séquences de certains rétrovirus de notre génome se sont dégradées et ces rétrovirus endogènes sont devenus inactifs ou « fossilisés ».

Par contre d’autres rétrovirus endogènes ont encore des séquences suffisamment intègres pour être « actifs », ce qui sera abordé dans les paragraphes suivants [14, 15].

 

LES RÉTROVIRUS ENDOGÈNES : BÉNÉFIQUES OU PATHOLOGIQUES?

Les rétrovirus endogènes peuvent jouer soit des rôles physiologiques, c’est-à-dire nécessaire à notre survie, soit des rôles pathologiques [16]. Nous n’aborderons ici que quelques-uns de ces rôles.

Un exemple de rétrovirus endogène « bénéfique » est la syncytine, protéine humaine permettant l’implantation embryonnaire et la formation du placenta, codée par un gène du rétrovirus HERV-W trouvé sur le chromosome 7 humain [16]. C’est en quelque sorte grâce à l’intégration du rétrovirus HERV-W dans le génome de nos très lointains ancêtres que l’espèce humaine est devenue un mammifère [16].

Il existe des situations où ces rétrovirus endogènes semblent impliqués dans des pathologies comme la sclérose en plaque ou la sclérose latérale amyotrophique. Leur rôle est également étudié dans la schizophrénie, le cancer et les maladies auto-immunes [13, 14, 16, 17].

LES RÉTROVIRUS ENDOGÈNES SONT-ILS TOUJOURS « ACTIFS » ?

Depuis l’endogénisation, c’est-à-dire l’intégration du rétrovirus dans le génome humain, qui daterait pour le plus ancien de 150 millions d’années, le génome des rétrovirus endogènes a subi des mutations au cours du temps. L’accumulation de ces mutations a dégradé dans un grand nombre de cas la séquence du rétrovirus endogène qui ne peut plus produire de protéine fonctionnelle. Ces rétrovirus endogènes sont devenus non fonctionnels et non infectieux [7].

Cependant au moins 230 rétrovirus endogènes complets sont présents dans le génome humain [17] et conservent des capacités d’être transcrits et traduits. Ils sont soumis à la régulation transcriptionnelle et traductionnelle de la cellule comme n’importe quelle portion du génome humain.

Les recherches en pointe sur le sujet s’acharnent à comprendre pourquoi et comment certains rétrovirus endogènes restent fonctionnels et à quel degré [7, 18]

On sait d’ores et déjà que :

  • Certains de ces rétrovirus sont transcrits à partir du génome et leur transcription peut être modulée

A titre d’exemple, HERV-W voit la transcription de son gène pol codant pour la rétrotranscriptase augmentée de 45% dans le cortex préfrontal des patients schizophrènes. Une augmentation de la transcription de HERV-K10 a été notée dans le cortex frontal des patients atteints de troubles bipolaires [14].

  • Certains rétrovirus ont des enzymes toujours actives, en particulier la rétrotranscriptase et l’intégrase

A titre d’exemple, l’activité retrotranscriptase du rétrovirus endogène HERV-W est augmentée de 36 % dans la schizophrénie [14].

Par ailleurs, une activité des enzymes de rétrovirus HERV-K a été détectée après clonage de 6 gènes codant ces enzymes, en particulier une activité rétrotranscriptase et une activité intégrase [13].

  • Les protéines et/ou l’activité des enzymes de rétrovirus endogènes ont été détectés dans des tissus sains

Une étude scientifique a détecté la transcription de rétrovirus endogènes dans les 19 différents tissus humains sains qui ont testés. Le taux de transcription variait selon le tissu étudié [19].

  • La transcription et/ou l’activité rétrotranscriptase des rétrovirus seraient activées par les cytokines pro-inflammatoires ainsi que d’autres infections virales

In vitro, la transcription et l’activité transcriptase est augmentée par les cytokines inflammatoires, le virus de l’herpès (HSV), le virus de la varicelle (VZV), le cytomegalovirus (CMV), le virus HHV6, l’EBV (causant la mononucléose infectieuse), l’HTLV1 et même le VIH. 13,18

  • Le rétrovirus endogène HERV-K est capable de produire des particules virales qui seraient même relarguées hors de la cellule hôte dans certaines conditions [13, 18].

 

CONCLUSION

Les rétrovirus (exogènes) s’intègrent naturellement dans le génome des cellules infectées durant le cycle de réplication du virus. Si l’intégration d’un rétrovirus exogène se fait dans les cellules de la lignée germinale, le rétrovirus exogène se transmet à la descendance et devient un rétrovirus endogène. Le génome humain se compose de 8% de séquences de rétrovirus endogènes dont les plus anciens dateraient de 150 millions d’années.

Si certains rétrovirus ont été rendus complétement inactifs par des mutations survenues durant l’évolution de l’espèce humaine, d’autres sont toujours transcrits, traduits en protéines et leur rétrotranscriptase et/ou leur intégrase sont fonctionnelles.

L’un d’entre eux pu même être observé sous forme de particules virales relarguées en dehors de leur cellule hôte.

 

REFERENCES

[1] https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/12/11/ce-que-l-on-sait-de-la-surete-des-vaccins-a-arn-messager_6063067_4355770.html

[2]Vaccins contre la Covid-19 : questions et réponses. Spilf. https://www.infectiologie.com/UserFiles/File/groupe-prevention/covid-19/vaccins-covid-19-questions-et-reponses-spilf.pdf

[3] https://www.nature.com/subjects/retrovirus

[4] Marin, M ; Etienne julan, M ; Piechaczyk, M ; Noel, D ; Retroviral Integration – Beliefs And Facts, M S-Medecine Sciences, 10, 3, 318-324, 1994 Di 10.4267/10608/2610

[5] https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/htlv-i

[6] Kim HS. Genomic impact, chromosomal distribution and transcriptional regulation of HERV elements. Mol Cells. 2012; 33 : :539.–544, 10.1007/s10059-012-0037-y

[7] Séquences provenant d’éléments génétiques mobiles, face cachée du génome humain DNA sequences from mobile genetic elements, a hidden half of the human genome, Julie Medina et Hervé Perron ; Med Sci, 33, 2, 2017, 151-158; https://doi.org/10.1051/medsci/20173302010

[8] R Löwer,The pathogenic potential of endogenous retroviruses: facts and fantasies, Trends in Microbiology, Volume 7, Issue 9, 1999, Pages 350-356, https://doi.org/10.1016/S0966- 842X(99)01565-6.

[9] https://www.jle.com/download/vir-307413-31660-virus_et_genes_viraux_endogenes_evolution_et_impact-scqipuf28491-u.pdf

[10] https://www.jle.com/download/vir-307413-31660-virus_et_genes_viraux_endogenes_evolution_et_impact-scqipuf28491-u.pdf

[11] Colson P, Ravaux I, Tamalet C, et al. HIV infection en route to endogenization: two cases. Clin Microbiol Infect. 2014 Dec; 20(12): 1280–1288.doi: 10.1111/1469-0691.12807

[12] Weiss, R.A. The discovery of endogenous retroviruses. Retrovirology 3, 67 (2006). https://doi.org/10.1186/1742-4690-3-67

[13] Marta Garcia-Montojo, Tara Doucet-O’Hare , Lisa Henderson, Avindra Nath, Human endogenous retrovirus-K (HML-2): a comprehensive review, Crit Rev Microbiol. 2018 November ; 44(6): 715–738. doi:10.1080/1040841X.2018.1501345

[14] P Ellul, L Groc, M Leboyer, Les rétrovirus endogènes humains, une implication dans la schizophrénie et le trouble bipolaire, Med Sci (Paris). 33(4): 404–409. doi:10.1051/medsci/20173304010.

[15] Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. Initial sequencing and analysis of the human genome Nature 409, 860–921 (2001). https://doi-rg.inc.bib.cnrs.fr/10.1038/35057062

[16] Medina J, Charvet B, Horvat B, et al. Des séquences rétrovirales endogènes dans le génome humain peuvent jouer un rôle physiologique ou pathologique . Med Sci (Paris). 2017; ; 33 : :397.–403, https://doi.org/10.1051/medsci/20173304009

[17] W. Seifarth et al, Comprehensive Analysis of Human Endogenous Retrovirus Transcriptional Activity in Human Tissues with a Retrovirus-Specific Microarray, J Virol, Jan. 2005, p. 341–352Vol. 79, No. 10022-538X/05/$08.000 doi:10.1128/JVI.79.1.341–352.2005

[18] P Küry, A Nath, A Créange, A Dolei, P Marche, et al. Human Endoge-nous Retroviruses in Neurological Diseases. Trends in Molecular Medicine, Elsevier, 2018, 24 (4),pp.379. 10.1016/j.molmed.2018.02.007. inserm-02333223.

[19] F K. Geis, S P. Goff1, Silencing and Transcriptional Regulation of Endogenous Retroviruses: An Overview Viruses. 2020; 12(8): 884.doi: 10.3390/v12080884

[20] R Contreras-Galindo et al, Human Endogenous Retrovirus Type K (HERV-K) Particles Package and Transmit HERV-K–Related Sequences,J Virol. 2015 Jul 15; 89(14): 7187–7201. doi: 10.1128/JVI.00544-15

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IVERMECTINE

Fiche d’informations synthétisant les données scientifiques concernant l’ivermectine dans le traitement de la Covid-19.

 

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Pour aller plus loin :

http://4j3iuarrdt.preview.infomaniak.website/science/livermectine-dans-le-traitement-de-la-covid/

Références

1 – Chosidow A, and Gendrel D (2016) Safety of oral ivermectin in children. Arch Pediatr 23:204–209
2 – Abdulamir AS, and Hill A (2021) Preliminary meta-analysis of randomized trials of ivermectin to treat SARS-CoV-2 infection. Research
Square.
3- Lawrie T (2021) Ivermectin reduces the risk of death from COVID-19 – a rapid review and meta-analysis in support of the recommendation
of the Front Line COVID-19 Critical Care Alliance. Research gate.
4 – Kory P (2021) Review of the Emerging Evidence Supporting the Use of Ivermectin in the Prophylaxis and Treatment of COVID-19. Front Line
COVID-19 Crit Care Alliance 1–21.

https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/antiviral-therapy/ivermectin/

https://clinicaltrials.gov/ct2/home

https://ivmmeta.com/

https://c19ivermectin.com/

http://www.metaevidence.org/

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Apporter à son organisme ce dont il a réellement besoin

Temps de lecture : 5 minutes

La norme, en matière de pratiques alimentaires, était hier d’acheter des produits de base entiers, cultivés en saison et à proximité, récoltés à maturité et cuisinés frais. Elle est aujourd’hui devenue celle du vite fait, de l’ultra-transformé [1], du acheté tout prêt à réchauffer et vite avalé. La cuisine, quand elle est « maison », est le plus souvent réservée aux occasions conviviales ou gourmandes : une soirée entre amis, un déjeuner dominical en famille, une envie de (se) faire plaisir.

Les priorités et les activités ont changé, quant aux tâches ménagères, malgré la modernité, elles semblent toujours plus s’accumuler. Dans cette course à la montre, la plupart d’entre nous a oublié, ou n’a jamais appris, à apporter à son organisme ce dont il a réellement besoin. Certes, les recommandations nutritionnelles préconisent de manger ce qui est bon pour la santé : des fruits et légumes, des protéines et des glucides, et de limiter ce qui est, aux yeux de beaucoup, d’abord bon au goût (sucreries, viennoiseries, charcuteries).

Il est devenu difficile de s’y retrouver et de démêler le vrai du faux entre ce qui est véhiculé chez soi et en-dehors, les injonctions, les médias, le marketing derrière la publicité et les rayons des supermarchés et, depuis quelques années, les applications d’informations en la matière. Les consommateurs ont dorénavant besoin d’assistants pour savoir quoi choisir et quoi consommer, tant la cacophonie et les informations ont altéré leur libre arbitre et, la technologie, leur savoir-faire.

Les connaissances en matière de nutrition demeurent largement insuffisantes, dans les programmes scolaires, jusque dans ceux des facultés de médecine. Pourtant, Hippocrate (460-370 av. J.-C.), fondateur de la déontologie médicale et père de la médecine, érigeait entre autres principes, « que ta nourriture soit ton médicament et ton médicament ta nourriture. ». Or, au cours des années d’études pour devenir médecin, le module de formation relatif à la nutrition se réduit à quelques heures. Quant aux interventions en milieu scolaire, qui ne sont pas obligatoires mais issues d’initiatives individuelles, il n’est pas rare que quelques lobbys n’y soient immiscés [2, 3]. En 2013, une étude menée par l’association ASEF (Association Santé Environnement France) révélait que près de neuf enfants sur dix ne savaient pas ce qu’est une betterave, un sur trois ne pouvait identifier des fruits et légumes tels que les figues ou les poireaux, une majorité ignorait à partir de quoi sont faits les pâtes, le jambon, le poisson pané ou encore, le pop-corn [4]. Aujourd’hui, l’éloignement est plus grand que jamais entre un aliment de base et le produit fini, après que des process industriels ont ultra-transformé en le privant au passage d’une partie, voire de la totalité de ses composés nutritionnels [5].

Apporter à son corps ce dont il a réellement besoin

Aujourd’hui, les micronutriments essentiels, les vitamines, minéraux et oligo-éléments, les acides gras et les antioxydants, les fibres et les enzymes, sont les moins présents dans la plus grande partie de l’offre alimentaire [6]. Ces composés sont pourtant ceux qui bâtissent, réparent et protègent. La plupart sont essentiels, c’est-à-dire qu’ils doivent être apportés par l’alimentation. Or, l’alimentation industrielle, sinon lorsqu’elle est peu transformée, en est pauvre ou bien dépourvue. Les céréales sont raffinées, quand elles ne sont pas fractionnées et recombinées [7], tandis que les aliments issus, en grande majorité, de l’agriculture conventionnelle ont une teneur souvent plus grande en résidus chimiques (pesticides, métaux lourds, hormones de croissance, antibiothérapie) qu’en composés bioactifs [8].

L’organisme est une machine incroyablement bien faite dans laquelle, en continu, s’opèrent toutes sortes de processus d’échanges, de circulation, de défense, de construction ou de dégradation, d’absorption, de stockage ou de déstockage et bien d’autres mécanismes savamment orchestrés. Ceci, quand elle est correctement alimentée.

Le corps humain est, schématiquement, composé d’eau (environ 65 %), puis de protéines et de graisses aux rôles multiples (structuraux, fonctionnels, transporteur, moteur, énergie, etc.), ainsi que de toutes sortes de tissus. Pour bien fonctionner, deux organes sont majeurs et gagnent à être de bonne constitution : le foie et le microbiote. L’un est vital, l’autre, en passe de le devenir. Le foie, qualifié de général des armées par la médecine traditionnelle chinoise, orchestre quelques 200 fonctions entre traitement, épuration ou détoxification, transformation, distribution ou encore, stockage. Le microbiote, encore mystérieux à bien des égards, est désormais célèbre pour son rôle dans l’immunité. Tout comme le foie est plus opérationnel lorsqu’il est en bonne santé, le microbiote l’est aussi s’il est diversifié et équilibré [9].

Or, aujourd’hui, ces deux organes sont souvent bien malmenés, trop chargé pour l’un, appauvri ou déséquilibré pour l’autre. Le résultat en cascade n’est autre qu’une immunité en berne et la porte grande ouverte aux pathologies en tous genres.

Les apports en eau, en micro- et macronutriments sont donc requis pour que la machine se renouvelle, se répare, se défende contre les intrus, en somme, pour qu’elle fonctionne correctement. Or, l’eau bue et les aliments avalés ne sont plus ce qu’ils étaient. L’une, qu’elle provienne du robinet ou conditionnée en bouteille, contient souvent des résidus chimiques ou des microparticules de plastique [10]. Le foie, qui a déjà fort à faire, doit en plus se charger d’éliminer ces xénobiotiques. Les autres, de plus en plus transformés, apportent davantage de calories vides que de nutriments complets. Pourtant, sans nutriments, le foie et bien d’autres mécanismes biochimiques ne peuvent s’établir correctement, ce qui mène l’organisme, à terme, à dysfonctionner. Quant au stress endémique et accru avec la crise du coronavirus, il accentue plus encore la situation.

Alors que faire ?

Revenir aux fondamentaux ou les réinventer : prendre le temps de choisir ses aliments, de les cuisiner et de les mâcher. Le temps se prend, il s’organise, il se privilégie. Aujourd’hui, quantité de néo-activités sont devenues fortement chronophages : sans les supprimer, peut-être les repenser.

Revenir aux aliments de qualité, frais et entiers. Réserver les plats tout prêts et autres aliments ultra-transformés à l’occasion, aux imprévus, aux obligations. Une fois l’habitude prise, il s’avère très simple et même rapide de préparer un dîner : pendant que les lentilles, mises à tremper le matin ou la veille au soir, cuisent à petit bouillon, râper un ou deux légumes de saison pour l’entrée, que vous pourriez assaisonner d’huile d’olive et de colza, de graines sèches et/ou germées [11], le tout accompagné d’une belle tranche de pain complet. Cet exemple, parmi d’autres, apporte des vitamines, des minéraux et des antioxydants, des protéines et des bonnes graisses, ainsi que des fibres et des glucides (sucres). De quoi faire fonctionner la machine correctement, afin qu’elle ne tombe pas régulièrement en panne ou, qu’à bas bruit, sans crier gare, l’organisme ne se disloque avec fracas.

 

Références

[1] https://aliments-ultra-transformes.fr/
[2] https://www.liberation.fr/france/2016/11/14/le-lobby-de-la-viande-s-invite-a-l-ecole_1528280/
[3] https://www.ladn.eu/entreprises-innovantes/transparence/comment-lobby-lait-embrigade-enfants/
[4] https://www.asef-asso.fr/notre-sante/mon-enfant/notre-enquete-sur-lalimentation-des-enfants-2013/
[5] LYON J, «Aliments industriels et conservation des vitamines », in LYON J, avec la collaboration du Dr JP Curtay, La Saga des Vitamines, Editions Josette Lyon, 1994, 42-49
[6] Hercberg S., Preziosi P., Galan P., Deheeger M., Apports nutritionnels d’un échantillon représentatif de la population du Val-de Marne : 2. Les apports en macronutriments. Revue d’Epidémiologie et de Santé Publique, 1991, 39 : 233-244
[7] https://siga.care/blog/le-cracking-dans-lindustrie-alimentaire-que-savons-nous/
[8] J.P. Curtay, « Le grand dérèglement », Les dossiers de santé nutrition & innovation N°45, juin 2015, ISSN 2296-7729, https://www.santenatureinnovation.com/dossiers/45juin-SNI.pdf
[9] J.P. Curtay, « Soyez le bon jardinier de votre flore intestinale, c’est vital ! », Les dossiers de santé nutrition & innovation N°64, janvier 2017, https://sni.media/USIR
[10] J.P. Curtay, « Bien s’hydrater sans s’empoisonner », les dossiers de santé nutrition & innovation N°70, juillet 2017 https://sni.media/VWBF
[11] http://lecoledesaliments.fr/2020/09/15/mangeurs-de-graines-bonnes-pour-la-sante/

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Évaluation des effets des confinements sur la propagation de Covid-19

Temps de lecture : 5 minutes

• Les interventions non pharmaceutiques (INP) les plus restrictives pour contrôler la propagation de COVID-19 sont le confinement à domicile et les fermetures d’entreprises. Compte tenu des conséquences de ces politiques, il est important d’évaluer leurs effets. Les auteurs ont donc évalué les effets sur l’épidémie de 2020 des INP plus restrictifs (rINP), par comparaison à celles des INP moins restrictifs (INP).

• La croissance des cas de COVID-19 dans 10 pays: Angleterre, France, Allemagne, Iran, Italie, Pays-Bas, Espagne, Sud Corée, Suède et États-Unis a été analysée. Les auteurs ont considéré que les effets de rINP sont égaux à
rINP = Effets de (rINP + INP + dynamique épidémique) – Effets de (INP + dynamique épidémique)

• La croissance des cas en Suède et en Corée du Sud, deux pays qui n’ont pas mis en œuvre le confinement obligatoire et les fermetures d’entreprises, sont utilisés comme pays de comparaison pour les 8 autres pays (16 comparaisons au total).

• La mise en œuvre de tous les INP (non restrictifs et restrictifs) est associée à des réductions significatives de la croissance des cas dans 9 des 10 pays à l’étude, dont la Corée du Sud et la Suède, qui n’ont mis en œuvre que des INP (l’Espagne a un effet non significatif). Après avoir soustrait les effets de l’épidémie et de l’INP, nous ne trouvons aucun effet bénéfique des rINP sur la croissance des cas dans n’importe quel pays.

• Bien que de petits avantages ne puissent être exclus, les auteurs ne trouvent pas d’avantages significatifs des IPN plus restrictifs. Des réductions similaires de la croissance des cas peuvent être réalisables avec moins d’interventions restrictives.

Cette étude évalue les effets des confinements stricts (rINP) (obligation de rester à domicile et fermeture des industries, magasins), en comparaison avec des effets de confinements plus légers, comme ceux adoptés en Suède et en Corée du Sud (INP).

Des confinements plus on moins sévères ont été adoptés en Europe, aux Etats-Unis et en Asie, en février-mars 2020. En raison des effets nocifs potentiels du rINP sur la santé – incluant la faim, la consommation de drogues, les vaccinations manquées, l’augmentation des maladies non COVID dues à des services de santé surchargés, la violence domestique, la santé mentale et les suicides, ainsi qu’une multitude de conséquences économiques avec implications pour la santé – il apparaît que leurs avantages postulés doivent être vérifiés et quantifiés.

Des études antérieures ont été réalisées, mais dans ces études, il a été présupposé soit l’efficacité des confinements, soit le modèle de l’avancée de l’épidémie. La difficulté est, en effet, que pour connaître l’efficacité d’une action, il faut connaître ce qu’aurait été l’avancée de l’épidémie sans cette action.

S’il n’est pas possible de connaître l’avancée de l’épidémie sans action, il est possible de connaitre son avancée en présence de mesures modérées, comme celles adoptées par la Suède et la Corée du Sud. Les auteurs ont donc comparé, pour 8 pays, Angleterre, France, Allemagne, Iran, Italie, Pays-Bas, Espagne et États-Unis, les résultats avec la Suède et la Corée du Sud. Au total, 16 comparaisons ont été effectuées.

L’épidémie considérée est celle qui a sévi dans l’hémisphère nord au printemps 2020 en Angleterre, en France, en Allemagne, en Iran, en Italie, aux Pays-Bas, en Espagne et aux États-Unis qui est comparée à la Suède et de la Corée du Sud (séparément).

Le taux de croissance des nouveaux cas avant la mise en œuvre de tout INP était positif dans toutes les études des pays. L’étude montre que les mesures de confinement ont eu un effet positif dans tous les cas. Cependant, aucune amélioration n’est visible dans les cas de confinements lourds par rapport aux confinements légers. En France, par exemple, l’effet des rINPs était + 7% par rapport à la Suède, et + 13% par rapport à la Corée du Sud (positif signifie pro-contagion).

Une hypothèse émise par les auteurs pour expliquer cette absence d’effet est que, lors des confinements stricts, la transmission familiale a été accrue. Une autre raison est que les comportements des individus ont été modifiés spontanément, avant l’imposition des mesures restrictives. L’application de la même méthode à l’épidémie de l’automne 2020 confirme l’absence de mise en évidence d’effet de confinement sévère.

Les faiblesses de cette étude sont : la difficulté de comparer des pays différents, avec des nuances dans les mesures appliquées, et les biais possibles dans l’évaluation des tests positifs.

Bien que l’on ne puisse pas démontrer l’effet des mesures très sévères, les données ne peuvent pas totalement exclure la possibilité de quelques avantages ponctuels. Cependant, même s’ils existent, ces avantages doivent être mis en balance des nombreux méfaits des mesures très agressives imposées.

Des interventions de santé publique plus ciblées, qui réduisent plus efficacement les transmissions, peuvent être importantes pour le contrôle futur de l’épidémie, sans les méfaits des mesures très restrictives.

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À Retenir

  • Les mesures de confinement très restrictives ont des effets sociétaux délétères, comme les suicides, les violences familiales, l’augmentation de maladies autres que la COVID-19.
  • L’application des mesures de confinement n’a pas été identique dans les pays, la Suède et la Corée du Sud ayant appliqué des mesures peu restrictives.
  • Une étude originale a été réalisée pour évaluer l’effet des confinements très restrictifs en comparant l’avancée de l’épidémie dans 8 pays par rapport à la Suède et la Corée du Nord.
  • L’effet des contraintes restrictives a été évalué par soustraction aux données des deux pays, Suède et Corée du Sud, pour 8 pays dont la France.
  • L’étude ne montre pas l’avantage des mesures strictes sur les résultats.
  • Des interventions de santé publique plus ciblées, qui réduisent plus efficacement les transmissions, peuvent être importantes pour le contrôle futur de l’épidémie, sans les méfaits des mesures très restrictives.

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L’Ivermectine dans le traitement de la Covid ?

LE POINT DES DONNEES SCIENTIFIQUES EXISTANTES

 

QU’EST-CE QUE L’IVERMECTINE ?

L’ivermectine (IVM) est un médicament antiparasitaire à large spectre utilisé depuis plus de 30 ans pour le traitement et le contrôle des infections parasitaires. Chez l’homme, il permet notamment de traiter l’onchocercose (cécité des rivières), les filarioses lymphatiques et la gale (Õmura, 2008). Le contrôle de ces maladies par l’ivermectine lui a valu d’être inscrite sur la « Liste des médicaments essentiels » par L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). L’ivermectine est également utilisée en médecine vétérinaire pour le traitement des endo- et ecto-parasites des animaux d’élevage.

William C. Campbell et Satoshi Ōmura, qui ont découvert et développé l’ivermectine, ont reçu le prix Nobel de médecine en 2015 récompensant l’ensemble leurs travaux sur cette molécule (Crump and Omura, 2011).

L’ivermectine, avec plus de 3,7 milliards de doses distribuées dans le monde au cours des 40 dernières années, possède un excellent profil de sécurité. De nombreuses études font état de faibles taux d’événements indésirables, dont la majorité sont légers, transitoires et largement attribués à la réaction inflammatoire de l’organisme à la mort des parasites contre lesquels le traitement est dirigé (Kircik et al., 2016). Il est à noter que l’ivermectine cible les canaux chlorures glutamate-dépendant des invertébrés, absents chez les mammifères, assurant ainsi une très bonne innocuité du médicament.

L’ivermectine possède également des propriétés antivirales, antibactériennes, anticancéreuses et anti-inflammatoires. Concernant ses propriétés antivirales, l’ivermectine a montré ses puissants effets antiviraux in vitro contre plusieurs virus à ARN, tels que le virus Zika, le virus de la grippe A, le virus de la maladie de Newcastle, le virus Chikungunya, le virus de la fièvre jaune, le virus de la dengue, le virus de l’encéphalite japonaise mais également le VIH et les virus à ADN tels que le polyomavirus BK et l’herpèsvirus équin de type 1 (Heidary and Gharebaghi, 2020). Elle a donc rapidement été envisagée et évaluée comme un médicament possible du SARS-CoV-2 et fait l’objet de recherches approfondies dans le cadre d’essais cliniques (Gupta et al., 2020).

 

COMMENT AGIT L’IVERMECTINE SUR LE SARS-COV-2 ?

Depuis le début de la crise, plusieurs études ont dévoilé les mécanismes d’action possibles de l’ivermectine en traitement du SARS-CoV-2 :

  • L’ivermectine réduit l’entrée du virus SARS-CoV-2 dans nos cellules et donc l’infectiosité du virus en se liant à la protéine Spike du Sars-Cov-2 et empêchant ainsi sa liaison avec le récepteur ACE-2 présent à la surface de nos cellules (Lehrer and Rheinstein, 2020).
  • L’ivermectine réduit la réplication de l’ARN viral du SARS-CoV-2 (Caly et al., 2020) en interférant avec plusieurs protéines requises pour la réplication du virus (Lehrer and Rheinstein, 2020; Sen Gupta et al., 2020) ainsi que l’enzyme RdRp (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase) (Swargiary, 2020).
  • L’ivermectine empêche le virus de « communiquer » avec le noyau de nos cellules : La protéine cargo du SARS-CoV-2 se lie à l’Importin (IMP) α/β1 de l’hôte afin de migrer dans le noyau et de réduire la réponse antivirale de la cellule hôte. L’IVM interagit directement avec l’IMPα et empêche son interaction avec IMPβ1, empêchant ainsi l’heterodimere Importin α/β1 de se lier à la protéine virale cargo du SARS-CoV-2 et donc son entrée dans le noyau (Caly et al., 2020; Yang et al., 2020). L’IVM bloque ainsi la reconnaissance du signal de localisation nucléaire (NLS) par le virus.
  • L’ivermectine exerce également des effets anti-inflammatoires en bloquant la voie inflammatoire NF-kB (le plus puissant médiateur de l’inflammation) et la production de cytokines (Zhang et al., 2008, 2009; Ci et al., 2009) et peut donc réduire la tempête cytokinique associée à la phase tardive de Covid19.

Des études In vivo chez l’animal ont montré l’intérêt de l’ivermectine dans l’infection par le SARS-CoV-2 :

  • L’ivermectine diminue de manière significative la charge virale et protège contre les lésions des organes dans de multiples modèles animaux lorsqu’ils sont infectés par le SARS-CoV-2 ou par des coronavirus similaires (Arévalo et al., 2020; De Melo, G.D. et al., 2020).

 

ACTION DE L’IVERMECTINE EN CLINIQUE DANS LA COVID19

  • L’ivermectine prévient la transmission et le développement de la maladie Covid19 chez les personnes exposées à des patients infectés (Carvallo, Hirsch, Psaltis, et al., 2020; Elgazzar et al., 2020; Priyamadhaba Behera et al., 2021; Bernigaud et al., 2021; Hellwig and Maia, 2021; Shouman et al., 2021).
  • L’ivermectine accélère la guérison et prévient la détérioration chez les patients présentant une maladie légère à modérée traitée tôt après les symptômes (Alam, Murshed, Bhiuyan, et al., 2020; Carvallo, Hirsch, and Farinella, 2020; Elgazzar et al., 2020; Gorial et al., 2020; Khan, M.S.I. et al., 2020; Morgenstern et al., 2020).
  • L’ivermectine accélère le rétablissement, permet d’éviter l’admission aux soins intensifs et réduit la mortalité des patients hospitalisés (Elgazzar et al., 2020; Hashim et al., 2020; Khan, M.S.I. et al., 2020; Niaee et al., 2020; Patel et al., 2020; Spoorthi and Sasank, 2020; Rajter et al., 2021).
  • L’ivermectine réduit la mortalité chez les patients atteints d’une forme grave de Covid19 (Elgazzar et al., 2020; Hashim et al., 2020; Rajter et al., 2021).
  • L’ivermectine entraîne des réductions frappantes des taux de létalité dans les régions où son utilisation est répandue (Chamie, 2020).

 

BILAN DES ETUDES SCIENTIFIQUES

Au 11 mars 2021, il existe 68 études scientifiques évaluant l’effet de l’ivermectine sur le SARS-CoV-2, dont 33 ont été revues par des pairs.

Parmi ces 68 études scientifiques, il existe 50 essais cliniques avec des résultats comparant des groupes traités et contrôle. Dans ces 50 essais cliniques (dont 24 randomisés), l’ivermectine a été utilisée dans :

11 essais à titre prophylactique

39 essais dans le traitement de la COVID-19 (19 précocement dès les premiers symptômes et 20 à des stades tardifs et souvent graves de la Covid19.)

De plus, il existe 17 essais cliniques en cours dont les résultats sont attendus pour 2021 (www.clinicaltrials.gov).

Voici un résumé des résultats statistiquement significatifs des essais contrôlés, pouvant servir de base de preuves cliniques pour l’utilisation potentielle de l’ivermectine dans la Covid19 (voir tableaux récapitulatifs Annexe) :

 

Essais contrôlés dans la prophylaxie de la Covid19 (11 études) (Tableau Annexe 1)

Les 11 essais contrôlés disponibles montrent tous des réductions statistiquement significatives de la transmission :

  • 4 essais contrôlés randomisés (RCT) avec des réductions statistiquement significatives des taux de transmission, N=1238 patients (Elgazzar et al., 2020; Vallejos et al., 2020; Chahla, 2021; Shouman et al., 2021),
  • 7 essais contrôlés observationnels (OCT) avec des réductions statistiquement significatives des taux de transmission, N=5329 patients (Alam, Murshed, Gomes, et al., 2020; Carvallo, 2020; Carvallo, Hirsch, Psaltis, et al., 2020; Bernigaud et al., 2021; Hellwig and Maia, 2021; P Behera et al., 2021; Priyamadhaba Behera et al., 2021).

 

Essais contrôlés dans le traitement de la Covid19 (39 études) (Tableaux annexe 2 et 3)

Actuellement, 19 essais comprenant au total plus de 3 000 patients atteints de formes légères de la maladie en consultation externe ont été réalisés. Ces essais comprennent 13 RCT (Afsar et al., 2020; Asghar, 2020; Podder et al., 2020; Raad, 2020; Chowdhury et al., 2020; Hashim et al., 2020; Mahmud, 2020; Mohan et al., 2021; Babalola et al., 2021; Chaccour et al., 2021; Kirti et al., 2021; Lima-Morales et al., 2021; López-Medina et al., 2021), 2 essais observationnels (Cadegiani et al., 2020; Elalfy et al., 2021) et de quatre séries de cas (Alam, Murshed, Bhiuyan, et al., 2020; Carvallo, Hirsch, and Farinella, 2020; Espitia-Hernandez et al., 2020; Morgenstern et al., 2020).

Sur ces 19 essais utilisant l’ivermectine en traitement précoce en ambulatoire, 15 essais montrent des effets bénéfiques de la molécule, 3 essais sont sans différence significative, malgré une tendance positive, et un seul essai ne montre pas d’amélioration (Tableau annexe 2).

Les effets bénéfiques de l’ivermectine en traitement précoce de la Covid19 qui sont décrits dans ces essais sont :

  • Amélioration de la symptomatologie clinique
  • Réduction du temps de récupération
  • Réduction du portage viral, réduction du temps de négativation du test PCR
  • Réduction du risque d’hospitalisation
  • Réduction de la mortalité globale

Il existe 20 essais utilisant l’ivermectine en traitement à des stades avancés de la maladie sur des patients hospitalisés. Ces essais comprennent 13 RCT (Rezai, 2020; Spoorthi and Sasank, 2020; Chachar et al., 2020; Elgazzar et al., 2020; Hashim et al., 2020; Krolewiecki et al., 2020; Niaee et al., 2020; Okumus et al., 2020; Ahmed et al., 2021; Beltran-Gonzalez et al., 2021; Pott-Junior et al., 2021; Bukhari et al., 2021; Galan et al., 2021), 6 OCT (Budhiraja et al., 2020; Camprubí et al., 2020; Gorial et al., 2020; Khan, M.S.I. et al., 2020; Patel et al., 2020; Rajter et al., 2021) et une étude rétrospective d’analyse de base de données (Soto-Becerra et al., 2020).

Sur ces 20 essais utilisant l’ivermectine sur des stades sévères de la maladie, 15 essais montrent un effet bénéfique de la molécule et 5 études sont sans différence significative (Tableau annexe 3).

Les effets bénéfiques de l’ivermectine en traitement tardif de la Covid19 chez les patients hospitalisés qui sont décrits dans ces essais sont :

  • Réduction du temps de récupération clinique
  • Réduction du temps de négativation du test PCR
  • Réduction de la durée d’hospitalisation
  • Réduction des admissions en réanimation
  • Réduction de la mortalité globale

 

CONCLUSION

L’ensemble des études existantes montre une amélioration de la survie, un rétablissement clinique plus rapide et des signes d’effet dose-dépendant de la clairance virale pour les patients traités par ivermectine plutôt que par contrôle. Même si des essais cliniques supplémentaires, de meilleure qualité et à plus grande échelle, ne pourraient être que bénéfiques, il est intéressant de noter que les avantages apparents de l’ivermectine contre la Covid-19 semblent pouvoir s’appliquer à tous les stades de la maladie, de la prophylaxie au traitement des patients gravement malades.

Trois méta-analyses sur ce sujet ont été réalisées (Abdulamir et al., 2021; Kory, 2021; Lawrie, 2021). Les résultats de ces trois méta-analyses sont tous concordants sur l’efficacité de l’ivermectine dans la Covid19, avec une baisse de la mortalité entre 65% à 90%, et une baisse du risque d’infection en prophylaxie de plus de 80% ainsi qu’à une diminution significative de la durée d’hospitalisation et du délai de guérison grâce au traitement par l’ivermectine de patients atteints d’une COVID-19.

Une recommandation temporaire d’utilisation (RTU) pour l’ivermectine comme traitement pour la Covid-19 a été déposée auprès de l’Agence nationale de la sûreté du médicament (ANSM) le 25 janvier 2021. L’ANSM s’est engagée à donner une réponse dans les meilleurs délais.

Rappelons que la situation d’urgence sanitaire a permis en quelques semaines d’autoriser le Remdesivir et le bamlanivimab (à base d’anticorps monoclonaux) pour certains patients Covid-19 grâce à une ATU (Autorisation Temporaire d’Utilisation). Il est à noter qu’une ATU est plus difficile à obtenir qu’une RTU, la RTU concernant des médicaments aux effets connus, ayant déjà une AMM, alors que l’ATU concerne des médicaments sans AMM.

Enfin, le Dr Satoshi Omura, le découvreur de l’ivermectine en personne, a déclaré le 11 Mars 2021 qu’une approbation spéciale devrait être donnée (ici)

 

ANNEXES

 

Tableau 1 : Essais contrôlés dans la prophylaxie de la Covid-19

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Tableau 2 : Essais contrôlés dans le traitement de la Covid-19 – patients ambulatoires

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Tableau 3 : Essais contrôlés dans le traitement de la Covid-19 – patients hospitalisés

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A Retenir

  • 68 études scientifiques évaluant l’effet de l’ivermectine sur le SARS-CoV-2 (dont 33 ont été revues par des pairs).
  • 50 essais cliniques (dont 24 randomisés).
  • L’ivermectine réduit la transmission et le développement de la Covid-19 chez les personnes exposées à des patients infectés,
  • L’ivermectine accélère la guérison et prévient la détérioration des patients présentant une forme légère à modérée de la maladie,
  • L’ivermectine évite l’admission aux soins intensifs des patients hospitalisés,
  • L’ivermectine réduit la mortalité chez les patients atteints de Covid-19.

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Références

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VACCIN COVID AstraZeneca ChAdOx1-S

Fiche d’informations sur le vaccin AstraZeneca Vaxzevria (ChAdOx1-S)

Vaccin à Adénovirus de Chimpanzé non réplicatif génétiquement modifié pour coder la protéine Spike du Sars-Cov-2.

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Références

 

Pour aller plus loin

Fiche de synthèse graphique : différentes technologies vaccinales

http://4j3iuarrdt.preview.infomaniak.website/science/fiche-de-synthese-differentes-technologies-vaccinales-anti-covid/

 

Effets indésirable Astrazeneca Vaxzevria

http://4j3iuarrdt.preview.infomaniak.website/science/vaxzevria-astrazeneca-et-covid-19-janssen-johnsonjohnson-note-de-synthese-aimsib-reinfocovid/

 

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VACCIN ARNm PFIZER/BIONTECH

Fiche d’informations concernant le vaccin ARNm de PFIZER/BIONTECH. Présentation des éléments connus à ce jour et de la balance bénéfice-risque

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Pour aller plus loin :

 

http://4j3iuarrdt.preview.infomaniak.website/science/fiche-vaccin-reponse-au-chu-de-liege/

http://4j3iuarrdt.preview.infomaniak.website/science/les-vaccins-efficaces-a-95-de-pfizer-et-moderna-nous-avons-besoin-de-plus-de-details-et-de-donnees

Références

https://www.vidal.fr/actualites/26337-vaccin-pfizer-biontech-contre-la-covid-19-enfin-des-donnees-a-analyser.html

https://www.ema.europa.eu/en/documents/assessment-report/comirnaty-epar-public-assessment-report_en.pdf

https://www.ansm.sante.fr/Dossiers/COVID-19-Vaccins/Vaccins-autorises/(offset)/3

https://www.oniam.fr/accidents-medicaux-indemnis%C3%A9s/vaccination-contre-la-covid-19 : Article L. 3131-3 CSP

https://www.conseil-national.medecin.fr/publications/communiques-presse/responsabilite-medecins-decision-vaccinale

 

 

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TESTS DE DIAGNOSTIC

Fiche d’informations concernant les tests utilisés dans le diagnostic de la Covid-19.

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Liberté d’expression au sein de l’Université

Un peu d’histoire

Créée à partir du XIIIème siècle, avec la Sorbonne, puis Toulouse et Montpellier, l’Université française a évolué vers des facultés dépendantes de l’État à partir de 1808, sous Napoléon. Lire la suite

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