Quels nouveaux vaccins ont été autorisés fin 2020 ?

Table 1 : Nombre de décès déclarés à la pharmacovigilance américaine (VAERS) suite à une vaccination en fonction des années

Références

[1] https://openvaers.com/covid-data consulté le 2 mars 2022

Vacciner son enfant contre la Covid-19 : vous êtes surs ?

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A Retenir

• La sécurité et l’efficacité de Comirnaty chez les enfants âgés de moins de 5 ans n’ont pas encore été établies de l’aveu même du fabricant
• Les tableaux d’effets indésirables enregistrés lors de l’essai clinique sur les 5-11 sont caviardés sur le site de l’agence européenne du médicament
• L’efficacité de la vaccination contre l’infection serait seulement de 11 % en janvier 2022 chez les 5 – 11 ans.
• L’efficacité vaccinale deviendrait nulle puis négative à partir du 35^ème jour après vaccination.

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Introduction

Depuis le 20 décembre 2021, la Haute Autorité de Santé (HAS) a ouvert la vaccination anti-covid à tous les enfants de 5 à 11 ans.

Pour l’instant cette vaccination n’est ni obligatoire ni requise pour l’accès à certains lieux ou certaines activités sociales.

Suite à l’obtention d’une extension d’autorisation de mise sur le marché (AMM) conditionnelle du vaccin Pfizer pour les enfants de 5 à 11 ans depuis le 25 novembre 2021 [1], la HAS a d’abord recommandé cette vaccination à partir du 30 novembre aux enfants fragiles ayant des comorbidités ou vivant dans l’entourage de personnes fragiles. La vaccination a été ouverte à tous les enfants moins d’un mois plus tard [2].

Ces décisions sont pour le moins déroutantes et contradictoires si on lit en détail le résumé des caractéristiques du produit de Pfizer qui nous apprend que les autorités sanitaires ont donné la permission au laboratoire Pfizer donner les résultats de l’étude pédiatrique de leur vaccin plus tard. Nous ne savons pas à quelle date, Pfizer donnera donc l’intégralité des données de l’étude pédiatrique.

« L’Agence européenne des médicaments a différé l’obligation de soumettre les résultats d’études réalisées avec Comirnaty dans la population pédiatrique pour la prévention de la COVID-19 (voir rubrique 4.2 pour les informations concernant l’usage pédiatrique). » [3].

Plus récemment, le vaccin Moderna a été à son tour approuvé chez les enfants par l’Agence Européenne du médicament le 24 février 2022. Cependant, de manière totalement contradictoire, ce même vaccin a été déconseillé par la HAS pour les moins de 30 ans en novembre 2021 en raison d’un sur-risque de myocardite [4] [5].

Les autorités de santé, l’ANSM et l’Agence Européenne du médicament, basent-elles leurs recommandations sur la science en autorisant l’injection de ces produits à des enfants ?

Cet article a pour but de lister de façon non-exhaustive quelques éléments de prudence quant à la vaccination des enfants par les vaccins Pfizer et Moderna et notamment d’estimer le bénéfice/risque de ces injections.

Les données quant à la faible sévérité de la maladie chez les enfants sans facteur de risque sont très rassurantes.

La Covid-19 n’est heureusement pas une maladie pédiatrique. Seuls 3 décès d’enfants de 5 à 11 ans ont été déplorés en France depuis le début de la COVID dont 1 avait de lourdes comorbidités ; cela représente donc 2 décès d’enfants sans facteurs de risque sur 5,77 millions d’enfants dans cette classe d’âge.

Les enfants ont 25 fois moins de risque de développer une forme grave que les adultes.

Le spectre souvent agité par les medias du Covid long ne concerne que très peu les enfants et ne persiste pas chez eux plus de 12 semaines [6].

La Covid-19 a donc un impact très négligeable sur la morbi-mortalité des enfants de 5 à 11 ans [6] [7] [8] .

Une efficacité du vaccin plus que modeste, dans cette tranche d’âge

Dans un article en pré-print (qui doit donc encore être validé par les pairs), rapportant l’efficacité des vaccins anticovid-19 chez 365 502 enfants de 5 à 11 ans, celle-ci ne serait seulement que de 11 % contre le risque d’infection en janvier 2022, avec la prédominance du variant Omicron [9].

De façon inquiétante, l’efficacité vaccinale deviendrait nulle puis négative à partir du 35^e jour après vaccination. [9] [10]

La vaccination contre la Covid-19 des enfants sans facteur de risque n’a qu’un très faible impact sur la santé publique. Le JVCI (sorte de conseil scientifique vaccinal britannique) a estimé qu’il faudrait vacciner entre 340 000 et 1 900 000 enfants pour potentiellement éviter l’entrée en soin intensif d’un seul enfant à cause de la Covid-19 selon le degré de sévérité du variant en cours de circulation.

Cependant, selon les données préliminaires (cf. Infra), le vaccin engendrerait 1,16 évènements indésirables graves pour 100.000 vaccinations. La balance bénéfice/risque semble donc défavorable. [11]

En l’état actuel des connaissances, on peut conclure qu’il n’y a quasiment aucun bénéfice collectif ou individuel à faire vacciner son enfant en bonne santé.

Doutes sérieux sur la qualité de l’essai clinique du vaccin Pfizer

On peut émettre des doutes sérieux quant à la qualité de l’évaluation de ces vaccins chez les enfants, étant donné la taille très réduite de l’essai clinique du vaccin Pfizer dont les données les plus importantes sont étonnamment masquées !

En détail, le vaccin Pfizer a été autorisé après les résultats préliminaires d’un essai clinique ne portant que sur 1305 enfants dans le groupe vaccin et 663 dans le groupe placebo alors même que plus de 18 000 adultes avaient été enrôlés dans chacun des bras de l’essai clinique adulte. Dans le document d’extension d’AMM permettant la mise sur le marché de la formulation pédiatrique, il est inadmissible que certaines données soit masquées alors même que ces données sont réglementairement publiques. En particulier, les données détaillées sur les effets indésirables chez les enfants ont été masquées comme on peut le constater avec la présence de ces carrés noirs sur lesquels sont affichés BLD (signifiant blinded = masqué). [12]

Une composition modifiée avec un nouvel excipient pour le vaccin Pfizer pédiatrique !

Un autre fait important est la modification de la composition du vaccin. La forme pédiatrique contient du tromethamol contrairement à la formulation adulte qui n’en contient pas. Nous doutons que les essais pré-cliniques aient également été réalisés sur cette formulation. [13]

Des Effets indésirables très peu connus mais qui commencent à se dessiner

Comment pourrait-on connaître correctement les effets indésirables du vaccin Pfizer chez les enfants de 5 à 11 ans alors même que ces données sont « caviardées » sur le site de l’agence européenne du médicament ?

La vaccination des enfants de 5-11 ans est récente. Les données françaises tant sur le bénéfice que sur les effets indésirables sont donc encore limitées à ce jour. Aux Etats Unis, 8 à 10 % des enfants ont manqué un jour d’école au moins suite à la vaccination et 5 à 8 % étaient en incapacité d’assurer leurs activités quotidiennes habituelles. [14]

Le CDC signale 1,25 évènements indésirables graves pour 100 000 vaccinations notifiés au VAERS (100 pour 8 millions environ d’enfants vaccinés).

Parmi ces effets indésirables graves, on note :

• 15 enfants avec troponine élevée (analyse biologique signant une atteinte cardiaque)
• 10 enfants avec crise d’épilepsie
• 15 suspicions de myocardites dont 11 ont été confirmées
• 2 décès ont été enregistrés chez des enfants ayant des comorbidités associées et qui sont en cours d’étude.
• Le nouveau point de pharmacovigilance de l’ANSM sur l’injection du vaccin Pfizer pour les 5 – 11 ans au 5 novembre indique 48 évènements indésirables dont 4 cas graves notifiés pour 351 056 injections soit 13,67 évènements indésirables pour 100 000 injections dont 1,13 graves. [15]

Conclusion

En conclusion, au regard des données techniques et scientifiques disponibles, la vaccination des enfants de 5 à 11 ans en bonne santé contre la Covid-19, n’apporte aucun bénéfice. Actuellement les effets indésirables du vaccin dans cette tranche d’âge sont très peu connus : l’essai clinique ayant porté sur un très faible nombre d’enfants, les effets indésirables rares et moyennent rares n’ont pas pu être détectés. Comme pour l’adulte, les effets indésirables à moyen et long terme de cette nouvelle technologie vaccinale ne sont absolument pas connus. Il apparaît inadmissible que les tableaux d’effets indésirables soient masqués dans les données publiques de l’agence européenne du médicament. Il devient impératif d’exiger une divulgation publique de ces données. D’autant que cette maladie est pour une écrasante majorité bénigne chez les enfants en bonne santé.

Références

[1] https://www.has-sante.fr/jcms/p_3302411/fr/covid-19-la-has-recommande-la-vaccination-des-enfants-fragiles

[2] https://www.has-sante.fr/jcms/p_3306399/fr/covid-19-la-has-favorable-a-l-ouverture-de-la-vaccination-sans-obligation-aux-enfants-de-5-a-11-ans

[3] https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/comirnaty-epar-product-information_fr.pdf; consulté le 5 mars 2022)

[4] https://www.has-sante.fr/jcms/p_3297260/fr/covid-19-la-has-precise-la-place-de-spikevax-dans-la-strategie-vaccinale

[5] https://www.ema.europa.eu/en/news/ema-recommends-approval-spikevax-children-aged-6-11

[6] https://www.has-sante.fr/jcms/p_3302411/fr/covid-19-la-has-recommande-la-vaccination-des-enfants-fragiles

[7] https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/enquetes-etudes/evolution-des-indicateurs-epidemiques-chez-les-5-11-ans-et-comparaison-avec-les-12-17-ans.-point-au-31-octobre-2021

[8] https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2021-11/avis_n_2021.0084.ac.sespev_du_25_novembre_2021_du_college_de_la_has_relatif_a_la_vaccination_des_enfants_de_5_a_11_ans_a_ris.pdf

[9] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.25.22271454v1#:~:text=Among%20children%20newly%20fully%2Dvaccinated,%3A%2043%25%2C%2063%25

[10] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC8736274/pdf/mm705152a1.pdf

[11] https://www.gov.uk/government/publications/jcvi-update-on-advice-for-covid-19-vaccination-of-children-aged-5-to-11/jcvi-statement-on-vaccination-of-children-aged-5-to-11-years-old

[12] https://www.ema.europa.eu/en/documents/variation-report/comirnaty-h-c-5735-x-0077-epar-assessment-report-extension_en.pdf

[13] https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/comirnaty-epar-product-information_fr.pdf; consulté le 5 mars 2022)

[14] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC8736274/pdf/mm705152a1.pdf

[15] https://ansm.sante.fr/uploads/2022/02/18/20220218-covid-19-focus-pv-pfizer-5-2.pdf

1, 2, 3, 4, 5 doses et toujours rien chez des immunodéprimés … explication ?

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A retenir

• L’activation rapide d’une réponse spécifique et efficace à une injection vaccinale nécessite un système immunitaire en bon état
• Quand un principe thérapeutique ne procure aucun bénéfice à une population cible, il est important d’essayer de comprendre pour rectifier la stratégie
• Tous les individus ne sont pas équivalents (âge, statut immunitaire, infections endémiques, comorbidité etc.) pour leur capacité à répondre de façon stéréotypée à une injection vaccinale

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Définition :

Immunodépression : Inhibition, d’un ou de plusieurs des composants des systèmes immunitaires innés ou adaptatifs, provoquée par une maladie (hémopathie, cancer…), une irradiation accidentelle ou induite intentionnellement par un traitement immunosuppresseur (dans le cadre par exemple du traitement du rejet d’une greffe ou celui d’une maladie auto-immune).

A-t-on confondu urgence et précipitation ?

Les injections de principes vaccinaux élaborés pour éduquer notre système immunitaire à réagir efficacement face à l’infection par le SARS-CoV-2, empêcher sa propagation dans la population générale et éviter le développement de la maladie COVID-19 ont débuté en janvier 2021 en France. Elles visaient pendant les premiers mois les populations classées comme étant les plus vulnérables, notamment selon un critère de l’âge. Mais, dès le mois de mai, conformément à un avis transmis un mois plus tôt par le Conseil d’Orientation de la Stratégie Vaccinale (COSV), la Direction Générale de la Santé (DGS) publiait une note urgente à destination des médecins, pharmaciens, infirmiers et sages-femmes indiquant que « l’injection d’une troisième dose de vaccin est nécessaire pour les personnes sévèrement immunodéprimées » [1].

Petit retour en arrière. A la suite des essais cliniques entamés par Pfizer, Moderna et Astra-Zeneca sur plus de 100 000 sujets volontaires, des autorisations temporaires ont été délivrées par les agences de santé à travers le monde pour l’injection de principes vaccinaux contre la COVID-19 sur des populations adultes. Parmi ces adultes, les personnes immunodéprimées et/ou recevant une chimiothérapie, une immunothérapie ou un traitement à base d’immunoglobulines ont néanmoins été exclues des essais cliniques. Cela n’a pas troublé un seul instant les agences gouvernementales de santé. La seule condition était que les principes vaccinaux n’incluent pas de virus vivants pour lesquels malheureusement les dangers sont largement documentés concernant les populations immunodéprimées. Ces sujets vulnérables, environ 300 000 en France, ont donc été ciblés très vite, sans aucune donnée médicale sur les effets des principes vaccinaux à ARN ou ADN. Au fur et à mesure du temps, les sujets immunodéprimés ont même été désignés comme cible prioritaire pour limiter la propagation du virus pathogène original et de ses variants successifs, au même titre que les personnes âgées de plus de 65 ans avec comorbidités. En effet, les cas cliniques se sont multipliés avec des indications d’apparitions inquiétantes de mutations du SARS-CoV-2 chez des sujets immunodéprimés. Il y aurait une forme d’évolution accélérée du virus qui profiterait d’un système immunitaire affaibli pour développer des stratégies d’échappement. Ces sujets immunodéprimés deviendraient alors des réservoirs susceptibles de générer des variants plus infectieux et plus virulents pour la population générale [2]. On a quand même eu l’idée lumineuse en mars 2021 d’évaluer, dans un essai observationnel, la réponse immune chez des patients traités en hématologie et immunodéprimés pour cause d’une maladie et/ou d’un traitement [3]. Cependant, sans attendre les résultats de ce genre d’études, l’état d’urgence décrété pour une expérimentation massive sur des personnes vulnérables pour lesquelles on n’aurait pas eu d’autres alternatives thérapeutiques se solde par un échec, en premier lieu pour les patients immunodéprimés.

Le 1^er janvier 2022, le Journal du Dimanche relayait un appel au président Emmanuel Macron de 6 présidents d’association représentant des personnes immunodéprimées et l’exhortant à tout faire pour protéger les plus fragiles. « Monsieur le Président de la République, les personnes immunodéprimées sévères, qu’elles soient transplantées, dialysées, atteintes de certains cancers ou prenant certains traitements, sont actuellement en grand danger en raison de l’ampleur de la pandémie de Covid en France et de leur réponse nulle ou insuffisante à la vaccination. Dès à présent, elles représentent jusqu’à 30% des séjours en réanimation dans certains hôpitaux, alors qu’elles sont moins de 300.000 au total en France, et qu’elles ont d’ores-et-déjà reçu trois, quatre, voire cinq doses de vaccin [4]. « 

Les témoignages se sont multipliés de patients immunodéprimés, et parfois de leurs soignants, constatant une vulnérabilité toujours présente face aux différentes formes du SARS-CoV-2, en dépit d’injections obstinées. Celles-ci devaient pourtant, officiellement, constituer l’arsenal le plus sûr et le plus efficace pour éradiquer une maladie émergente.

Que se passe-t-il donc ? Est-ce de la désinformation, une désinvolture vis-à-vis d’une population fragile, de l’ignorance ? A-t-on encore des choses à apprendre sur les mécanismes de stimulation d’une réponse immunitaire adaptative dans un environnement particulier, des sujets avec en permanence un frein empêchant d’appuyer sur la pédale de l’accélérateur de l’activation immunitaire induite par une stimulation antigénique ?

Comme souvent, faire preuve d’humilité face aux lacunes de nos connaissances au milieu de la complexité du vivant devrait être prodigué…comme une piqûre de rappel. Aussi, il est peut-être utile de se demander ce qui se passe exactement chez les sujets immunodéprimés après l’injection d’une formule à ARN ou ADN. Plus précisément à l’endroit même où, en théorie, nos meilleurs fantassins seraient formés à reconnaître, isoler et neutraliser la menace terroriste du SARS-CoV-2 : les ganglions lymphatiques drainant le site d’injection du principe vaccinal. C’est à cet endroit que, dans un compartiment dénommé centre germinal, des plasmocytes, des sortes d’usines à produire des anticorps, et des lymphocytes B mémoires sont fabriqués en masse. Cette fabrication est orchestrée par des lymphocytes T folliculaires auxiliaires. Ce processus est décrypté par la prestigieuse revue Cell dans son édition en ligne du 1^er février 2022 [5]. Des investigateurs américains ont ainsi utilisé une technologie couplant guidage par de l’imagerie à ultra-sons et aspiration avec une aiguille fine pour évaluer la réponse dans les centres germinaux générée par la libération de principes vaccinaux à ARN à proximité d’un ganglion lymphatique. La population ciblée était constituée de 15 sujets sains (23 à 76 ans) et 13 transplantés rénaux sous traitement immunosuppresseur qui présentaient avant transplantation une réponse anticorps normale pour les vaccinations anti-tétanique, oreillons, rubéole et rougeole. Comme attendu, dès la primo-injection, il a bien été observé une forte induction de lymphocytes B activés contre la glycoprotéine Spike du SARS-CoV-2, et en particulier de la partie de la glycoprotéine (le domaine de fixation au récepteur) qui interagit avec le récepteur à la surface de nos cellules épithéliales afin de permettre l’internalisation du virus. Cette induction était présente au niveau de centres germinaux de ganglions drainant le site d’injection chez les sujets sains, un processus amplifié lors de la deuxième injection. Cette réponse de cellules B spécifiques du SARS-CoV-2 était également associée à une induction robuste de lymphocytes T folliculaires auxiliaires, de lymphocytes B mémoires et d’anticorps neutralisants. En revanche, de façon très contrastée, chez les transplantés rénaux, au niveau des centre germinaux équivalents de ceux examinés chez les sujets sains, il n’était détecté que très peu de cellules B mémoires dirigées contre le domaine de fixation au récepteur de la glycoprotéine spike, qu’une quantité infime de lymphocytes T folliculaires auxiliaires et une quasi-absence d’anticorps neutralisant. Cette étude montre ainsi que les individus recevant des médicaments immunosuppresseurs ne génèrent pas de réponse efficace au processus de vaccination au niveau des ganglions drainant le site d’injection. Une réponse vaccinale suboptimale chez des sujets transplantés recevant un traitement immunosuppresseur avait déjà été signalée dans le cas de la grippe A/H1N1 ou de l’hépatite B [6,7].

Finalement, la population ciblée d’emblée comme ayant le plus besoin de la vaccination anti-COVID-19 est sans doute celle pour laquelle le processus fonctionne le moins bien. Vous aurez beau faire toutes les améliorations de moteur et fournir le meilleur carburant à une voiture, si elle n’a qu’une seule roue, elle aura beaucoup de mal à avancer. Pendant ce temps, on continue d’obliger les populations qui en ont le moins besoin ou pas besoin du tout de recevoir des principes vaccinaux dirigés contre une forme disparue de SARS-CoV-2. Encore une fois, il semble que ce ne soit pas la science qui guide les décisions gouvernementales. Pourquoi ?

Références

[1] https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/dgs_urgent_52_precisions_sur_la_vaccination_imd.pdf

[2] Corey L, Beyrer C, Cohen MS, Michael NL, Bedford T, Rolland M. SARS-CoV-2 Variants in Patients with Immunosuppression. N Engl J Med. 2021 Aug 5;385(6):562-566. doi: 10.1056/NEJMsb2104756. PMID: 34347959; PMCID: PMC8494465. https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMsb2104756

[3] https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04805216

[4] https://www.lejdd.fr/Societe/Sante/covid-19-lappel-a-macron-des-patients-immunodeprimes-face-a-lhecatombe-qui-les-menace-4085515

[5] https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00138-6

[6] Cowan M, Chon WJ, Desai A, Andrews S, Bai Y, Veguilla V, Katz JM, Josephson MA, Wilson PC, Sciammas R, Chong AS. Impact of immunosuppression on recall immune responses to influenza vaccination in stable renal transplant recipients. Transplantation. 2014 Apr 27;97(8):846-53. doi: 10.1097/01.TP.0000438024.10375.2d. PMID: 24366008; PMCID: PMC4843769. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24366008/

[7] Friedrich P, Sattler A, Müller K, Nienen M, Reinke P, Babel N. Comparing Humoral and Cellular Immune Response Against HBV Vaccine in Kidney Transplant Patients. Am J Transplant. 2015 Dec;15(12):3157-65. doi: 10.1111/ajt.13380. Epub 2015 Jul 2. PMID: 26137874. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ajt.13380

Un virus ? Quel virus ??

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A Retenir

• Les virus font partie du vivant depuis toujours et pour toujours
• Penser pouvoir créer un monde « zéro virus » est illusoire, et délétère à terme
• Un virus s’adapte et établit un équilibre avec son hôte. Sinon, il disparaît.
• Revenons au sens commun pour réagir de façon adaptée à ces crises sanitaires.

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Le savoir partiel fait peur

Homo sapiens est incontestablement l’espèce qui a le plus exploité son environnement. En quelques dizaines de milliers d’années, nous sommes passés de chasseurs-cueilleurs à des individus vivant dans des sociétés de plus en plus dépendantes de notre technologie. Ces dernières décennies ont vu d’importantes avancées scientifiques affiner les connaissances médicales, permettant la compréhension de nombreux phénomènes physiologiques. En particulier, la biologie moléculaire a permis la mise en évidence de nombreux processus génétiques impliqués dans diverses pathologies (cancers, maladies héréditaires, maladies infectieuses, etc.…). Aujourd’hui, suite à la syndémie de COVID-19, rares sont les humains qui n’ont pas entendu parler de virus, voire même du récepteur du SARS-CoV-2, ACE2, reconnu par la protéine de pointe « Spike »…

Cette nouvelle familiarité avec les virus à ARN, associée aux messages souvent alarmistes des politiciens sur la dangerosité potentielle de la maladie, a fait que nous connaissons désormais tous la capacité qu’ont les virus à ARN d’évoluer. Nous semblons être arrivés à un stade où, quand un pic épidémique disparaît, nous sommes tous dans l’angoisse de l’attente du variant suivant, qui risque cette fois-ci d’être « le bon ».

Cette peur récurrente n’est possible que parce qu’elle est entretenue socialement et médiatiquement, et parce que nous sommes tous devenus (un peu…) « virologues », et que nous comprenons les fondements de la dangerosité présentée comme extrême du SARS-CoV-2, qui nous est répétée en boucle. Dangerosité nécessitant donc les messages alarmistes diffusés… Cela semble une boucle sans fin, parce que nous « savons » ce qui se passe. Cependant, ce nouveau « savoir » est parcellaire, incomplet. La vision que nous avons est tellement focalisée sur la COVID-19 que nous ne réalisons pas à quel point ce virus n’est que l’un des très nombreux « voisins » de notre environnement quotidien. Nous ne réalisons pas que, comme tout autre être vivant, ce virus interagit avec ses hôtes, et participe même à notre évolution et adaptation dans le biotope global qu’est notre planète.

Le virus ? Oui, mais lequel ?

Un consortium international de chercheurs vient de publier un article dans le très respecté journal « Nature ». A la lumière des diverses épidémies ayant affecté l’humanité au cours du siècle passé (Grippe espagnole, SIDA, SARS, MERS, Ebola, COVID-19), ils ont décidé de clarifier ce que l’on sait vraiment de ces différents pathogènes, en particulier de leur nombre [1]. Pour cela, ils ont choisi de s’intéresser en particulier aux virus à ARN, tels le SARS-CoV-2, désormais connu de tous. La stratégie suivie a consisté à chercher parmi les séquences génétiques déjà disponibles (soit 5,7 millions d’échantillons, ce qui est néanmoins une infime proportion de toutes les séquences présentes sur la planète) celles qui comportent une séquence particulière appelée séquence de l’ARN polymérase dépendante de l’ARN. Il s’agit d’une enzyme indispensable aux virus à ARN tels les coronavirus pour amplifier leur propre génome. Ce criblage des séquences disponibles a conduit à l’identification de plus de 100 000 (131 957, pour être précis) nouveaux virus à ARN.

Ceci illustre une réalité que nous avons du mal à appréhender. Nous nous inquiétons d’un virus particulier parce qu’il a complètement désorganisé le quotidien de beaucoup de pays (en particulier les pays les plus développés) depuis maintenant deux années. Nous nous inquiétons de savoir s’il va revenir, s’il va être plus létal, si nous allons parvenir à l’éradiquer, etc. Nous devons comprendre que, quand bien même ce virus disparaîtrait, nous serions toujours en présence de très nombreux (innombrables, en fait) autres virus, possiblement pathogènes.

La densité NORMALE de particules virales dans l’air que nous respirons quotidiennement est de l’ordre de 1 à 6 millions par m³ [2]. Nous respirons environ 12 m³ d’air par jour, et avalons donc de ~10 à 60 millions de particules virales en 24h. Toutes ces particules virales ne nous rendent généralement pas malades. Non seulement vivons-nous généralement en « bonne entente » avec les virus, mais en plus, ces virus participent activement à notre propre évolution en tant qu’espèce. Notre génome, comme celui de tout autre espèce eucaryote (dont les cellules ont un noyau, contrairement par exemple aux bactéries ou aux… virus), contient de 5 à 10 % de séquences d’origine virale, qui ont au cours du temps activement participé à l’évolution de notre génome [3] Ceci est à comparer aux seuls 1 à 2 % de notre génome qui contiennent nos gènes [4].

Il est donc illusoire de penser que l’on puisse vivre dans un monde « zéro COVID », et encore moins dans un monde « zéro virus ». Parfois, la technologie pharmaceutique permet de développer des traitements afin de mieux résister aux virus qui affectent certaines populations (par exemple les trithérapies anti HIV), et c’est tant mieux lorsque ces traitements sont sûrs et éprouvés. Personne ne souhaite voir un proche succomber à une infection virale. C’est pourtant ce que nous connaissons chaque année, puisque 4 millions de personnes généralement âgées et/ou fragiles (comorbides) décédaient déjà chaque année d’infections respiratoires aiguës à travers la planète avant même l’arrivée de la COVID-19 [4].

La seule issue, qui a toujours été suivie bon gré mal gré par l’humanité (et les autres espèces) est l’adaptation et l’équilibre entre l’hôte et le pathogène, équilibre qui se traduit finalement en général par des symptômes bénins. Il semble que notre grande faiblesse aujourd’hui face au désordre planétaire provoqué par ce tout petit organisme de 0,000 000 15 mètre tienne paradoxalement à notre niveau de connaissances jamais égalé. Nous nous sommes convaincus que puisque nous pouvons désormais isoler, séquencer et caractériser un virus en quelques jours, et que nous disposons de technologies moléculaires permettant (a priori) d’élaborer en quelques mois une ou plusieurs formules vaccinales infaillibles et sans danger. Il nous suffirait de nous isoler et d’appliquer en continu des barrières physiques (masques etc…) en attendant de piquer le muscle deltoïde de l’humanité entière avec les injections salvatrices ultimes. Malheureusement, ces deux années nous ont démontré la naïveté de cette illusion. Ces nouveaux traitements apparentés à des traitements vaccinaux ne remplissent pas le cahier des charges qui leur a été assigné, seulement sont-ils capables de peut-être prolonger la vie de personnes déjà proches de la fin de leur existence, et de générer des évolutions virales qui entraîneront des échappements immunitaires de plus en plus nombreux…

D’autre part, gardons à l’esprit que si les épidémies ont toujours existé, elles sont de plus en plus fréquentes. Ceci est dû à nos habitudes de vie « modernes »:

1- Nous vivons de plus en plus serrés les uns sur les autres, donc les virus peuvent passer d’un hôte à l’autre plus facilement ;

2- Nous sommes de plus en plus fragiles (maladies « modernes » : obésité, diabètes, maladies cardio-vasculaires, etc…), ce qui facilite la prolifération virale sur ces terrains moins bien protégés ;

3- Nous entassons les animaux, qui peuvent être des réservoirs viraux (visons, porcs, volailles, etc…), les uns sur les autres dans nos élevages intensifs, ce qui facilite l’apparition de nouveaux pathogènes.

4- Nous traversons la planète de part en part en quelques heures, dispersant ainsi très efficacement nos virus.

Conclusion

Espérons que l’analyse des réponses « sanitaires » que nous avons vu fleurir au gré des montées et descentes de contaminations nous permettra de revenir à une certaine sérénité en cas de nouvelle crise:

– Tout d’abord, caractériser et protéger les populations à risque par des mesures de bon sens et volontaires;

– Ensuite, laisser les médecins prendre soin des malades, du mieux qu’ils le peuvent, quitte à repositionner des médicaments dont l’innocuité a déjà été démontrée et qui semblent prometteurs contre cette nouvelle pathologie ;

– Enfin, si le pathogène est effectivement particulièrement létal et ne peut être contrôlé, développons de nouveaux traitements, que nous validerons extensivement, et proposerons sur la base du volontariat. Quel malade refuserait un traitement sûr ?

– Et surtout, établissons un climat de confiance et de solidarité dans la population durant ces crises, plutôt que de bombarder des gens inquiets d’injonctions permanentes et contradictoires.

Notre gouvernement, comme beaucoup d’autres, a choisi de gérer cette épidémie comme une guerre, avec un état d’urgence sanitaire et toute une panoplie de lois et d’obligations. Il a choisi la politique du « quoi qu’il en coûte », et ça coûte en effet très cher ! (1.6 milliard d’euros rien que pour les tests en janvier 2022). Coût qui sera remboursé par nos enfants… Nous savons sans la moindre ambiguïté que l’énorme majorité des victimes sont des personnes âgées et/ou comorbides [5]. Espérons qu’un jour nos dirigeants investiront ne serait-ce que le dixième de cette somme afin de nous inciter à éviter les comorbidités, par une alimentation saine, des activités physiques régulières, et la possibilité de vivre sans stress permanent. Cela conduirait à une protection majeure de la population contre les maladies infectieuses mais aussi contre bien d’autres maladies.

Cette crise semble aujourd’hui avoir atteint son terme. Avant que la suivante, inévitablement, ne s’engage, espérons que l’on reprendra le fil de l’histoire, pour comprendre et analyser l’écart entre ce qui était espéré, imposé et ce qui est survenu hier, aujourd’hui, et l’impact sur notre vie de demain dans bien des domaines et pas que le seul domaine médical.

Références

[1] R. C. Edgar et al., “Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery,” Nature, vol. 602, no. 7895, pp. 142–147, Feb. 2022, doi: 10.1038/s41586-021-04332-2.

[2] A. J. Prussin, E. B. Garcia, and L. C. Marr, “Total Concentrations of Virus and Bacteria in Indoor and Outdoor Air,” Environ. Sci. Technol. Lett., vol. 2, no. 4, pp. 84–88, Apr. 2015, doi: 10.1021/acs.estlett.5b00050.

[3] K. V. Chaitanya, “Structure and Organization of Virus Genomes,” in Genome and Genomics, Singapore: Springer Singapore, 2019, pp. 1–30. doi: 10.1007/978-981-15-0702-1_1.

[4] Ch. Lafaix and Ph. Reinert, “Morbidité et mortalité de l’infection respiratoire aiguë chez l’enfant de moins de 5 ans dans le monde,” Médecine et Maladies Infectieuses, vol. 27, pp. 507–512, May 1997, doi: 10.1016/S0399-077X(97)80105-9.

[5] L. Kompaniyets et al., “Underlying Medical Conditions and Severe Illness Among 540,667 Adults Hospitalized With COVID-19, March 2020–March 2021,” Prev. Chronic Dis., vol. 18, p. 210123, Jul. 2021, doi: 10.5888/pcd18.210123.

Quand le choix des chiffres nous éloigne de la réalité médicale

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A Retenir

• Il ne faut pas confondre contagiosité et dangerosité
• Il n’existe pas de relation arithmétique absolue reliant un taux de contagiosité et un taux de pathogénicité
• Il est important de focaliser notre attention sur les populations à risque
• Pour modéliser une maladie correctement il faut disposer de variables qui ont un sens biologique et médical

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Définitions :

Contagiosité : Qualité de ce qui est contagieux, c’est-à-dire qui se transmet par contagion. La contagion étant la transmission d’un agent infectieux qui peut se faire de façon directe, indirecte ou de façon mixte.

Pathogénicité : Pouvoir pathogène, capacité (d’un agent infectieux) de causer des troubles chez son hôte du fait de sa virulence (capacité à générer une maladie ou des atteintes à l’organisme) et de son invasivité (capacité à envahir les tissus des hôtes et à se multiplier à l’intérieur).

On peut alors se demander si tout ce qui est contagieux est nécessairement dangereux pour notre santé. En effet, beaucoup d’agents pathogènes vivent à l’état de parasites inoffensifs dans l’organisme d’individus bien portants. Une maladie très transmissible n’est donc pas forcément très pathogène. Le caractère dangereux d’un agent infectieux dépend à la fois de ses caractéristiques propres (variations de séquences génétiques par exemple pour SARS-Cov-2), mais également du milieu où il va se nicher et éventuellement se répandre et donc de la capacité de l’hôte à cohabiter avec lui plus ou moins en symbiose. Ainsi, les personnes les plus vulnérables sont celles dont le système immunitaire est suffisamment affaibli pour qu’il ne puisse pas garder sous contrôle un agent infectieux qui pourra causer une grave maladie alors que le même germe serait parfaitement bénin pour tout autre individu. Ainsi, on peut espérer qu’il ne viendrait pas à l’esprit de nos gouvernants de faire tester systématiquement la présence de la bactérie Escherichia Coli (E. coli) puisqu’elle est naturellement présente dans l’intestin de l’Homme et participe au bon fonctionnement du système gastro-intestinal. C’est ainsi qu’elle forme avec 400 autres espèces, un écosystème stable, essentiel au maintien d’une bonne santé. Néanmoins, toutes les souches d’E. coli sont pathogènes dans des localisations extra-intestinales et peuvent provoquer des infections urinaires, des méningites, abcès, péritonites, et même des septicémies. Autrement dit, en dehors des agents extrêmement pathogènes, on voit avec cet exemple qu’il ne suffit pas nécessairement de savoir si un agent infectieux est présent ou non chez un individu pour en déduire un risque de maladie plus ou moins grave ; encore faut-il connaître les caractéristiques de cet individu ainsi que la localisation exacte de l’agent infectieux. Donc, les chiffres du nombre d’individus positifs à un test naso-pharyngé, extrêmement médiatisés et martelés quotidiennement depuis plusieurs mois n’ont pas forcément un lien direct avec le nombre de personnes susceptibles de présenter une maladie plus ou moins grave. Ce qu’il faudrait savoir c’est plutôt la proportion et les caractéristiques (âge, sexe, facteurs de co-morbidité du COVID-19) des personnes positives à un test PCR ou antigénique et qui développent des symptômes invalidants. Il y a donc un choix de communication de focaliser l’attention sur des chiffres qui font que la France est quasiment devenue championne du monde du nombre de tests positifs au COVID-19 tandis que, heureusement, dans le même temps la proportion de personnes nécessitant une assistance médicale du fait de l’infection au SARS-CoV-2 n’est pas du tout corrélée.

« Le variant omicron est manifestement plus contagieux, manifestement pas plus dangereux, mais s’il se met à circuler beaucoup, on aurait des contaminations plus importantes encore qu’avec le variant actuel, ce qui veut dire que, proportionnellement, on finirait par avoir quand même beaucoup de formes graves » Olivier Véran, point presse du 6 décembre 2021.

On peut s’accorder sur le fait que les prévisions annoncées en décembre 2021 sur un tsunami de contaminations par le variant omicron en début d’année 2022 se sont avérées justes. Plus de 2,4 millions de cas positifs en une semaine ! Pour autant, et en toute proportionnalité, a-t-on vu une déferlante d’hospitalisations pour COVID-19 ? Ce n’est pas le cas, et on a plutôt une diminution du nombre de nouvelles admissions en services de soins critiques, dont près de 20 % sont officiellement reconnues par Santé Publique France comme « avec » COVID-19 (en fait, positives au SARS-CoV-2 mais sans symptome), et non « pour » COVID-19. Il est donc important de comprendre qu’il n’existe pas de relation de proportionnalité entre un taux de contagiosité et un taux de pathogénicité. Comme explicité précédemment, on peut très bien vivre avec un agent infectieux dans notre organisme tant qu’on le maintient sous contrôle. Par ailleurs, la gravité des symptômes induit par un agent infectieux n’est pas tant liée à sa quantité absolue mais plutôt à sa capacité à mettre en défaut des fonctions vitales, ce qui peut se faire de façon très localisée et pas nécessairement avec une concentration massive. Autrement dit, il n’existe pas de façon généralisée une relation linéaire entre le portage viral et les symptômes pathologiques alors qu’il existe bien dans le cas du SARS-CoV-2 un lien entre le portage viral et la transmissibilité [1].

Quelle est la réalité biologique sous-jacente au nombre de tests positifs ?

Lors de son adresse au Français du 24 novembre 2020, le président de la République fixait à 5000 contaminations par jour le seuil permettant de lever le confinement. Il fixait aussi un seuil de 2500 à 3000 personnes en réanimation. Si à la lumière des chiffres actuels de contaminations journalières, le premier seuil évoqué pourrait sembler ridiculement faible, il ne faut pas oublier qu’à l’époque il apparaissait élevé. Mais encore une fois, ce ne sont que des chiffres qui en l’occurrence ne veulent pas dire grand-chose. A minima, plutôt que d’évoquer en permanence des nombres absolus de tests positifs réalisés, il faudrait ne parler que du taux d’incidence. Mais l’on sait que les tests réalisés, PCR ou antigéniques, présentent un taux non-négligeable de faux positifs pour différentes raisons [2], que leur spécificité vis-à-vis du SARS-CoV-2 fait débat. On n’est donc jamais certain que tous les tests positifs identifient bel et bien la présence d’une entité virale active mais ce n’est finalement pas le plus important. Comme nous l’avons expliqué auparavant il n’y a pas, a priori, de lien biologique direct entre le taux d’incidence pour 100 000 habitants et la gravité de la situation sanitaire. Ce qui aurait un sens biologique et médical serait une communication qui relierait le taux d’incidence à la sévérité des symptômes par classe d’âge. Bien entendu, cette communication plus en phase avec une réalité médicale, permettrait de souligner la portion de la population qui nécessite le plus d’attention de la part des services de santé et de mieux répartir les efforts humains et financiers afin de soutenir les plus vulnérables. Actuellement des moyens colossaux sont mis en œuvre pour tester … essentiellement des personnes en bonne santé. N’y a-t-il pas là quelque chose qui ne tourne pas rond ?

Références

[1] Ke R, Zitzmann C, Ho DD, Ribeiro RM, Perelson AS. In vivo kinetics of SARS-CoV-2 infection and its relationship with a person’s infectiousness. Proc Natl Acad Sci U S A. 2021 Dec 7;118(49):e2111477118. doi: 10.1073/pnas.2111477118.

[2] Braunstein GD, Schwartz L, Hymel P, Fielding J. False Positive Results With SARS-CoV-2 RT-PCR Tests and How to Evaluate a RT-PCR-Positive Test for the Possibility of a False Positive Result. J Occup Environ Med. 2021;63(3):e159-e162. doi: 10.1097/JOM.0000000000002138.